24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3001  |  回复: 16

怡红痴子

金虫 (小有名气)

[求助] TA克隆,假阳性?假阴性? 已有1人参与

楼主初学TA克隆,经过一翻坎坷之后,终于小有成果,但是最近遇到了一个新的问题。
我是做土壤细菌氨氧化基因的TA克隆,目的片段大概490bp,用的载体试剂盒是TAKARA的pMD18-T,将PCR产物16℃过夜连接后,转入80uL大肠杆菌DH5a感受态细胞中,LB液体37℃,200rpm摇1h后,离心浓缩至150uL菌液涂板(含100ug/mL氨苄),然后倒置37℃过夜培养(大约12h)。次日共挑取了78个单菌落分别接种到1mL氨苄LB液体培养基中37℃、200rpm培养12h,取1uL菌液进行PCR(采用M13-47和RV-M这对载体通用引物),但是菌液PCR验证结果只有29个阳性克隆,其中有一个还混入了空载体算是废掉了,只剩28个,可是78个只有28个是阳性,这比率也太小了点吧?
其他那49个没P出来的到底是氨苄筛选时的假阳性呢?还是菌液PCR时的假阴性?是不是我哪里没做好,请高人帮我分析一下原因,不胜感激!

PS:我同时做了阳性和阴性对照的,都很正常,阳性随机挑了9个菌落做PCR,验证结果都是阳性的

[ Last edited by 怡红痴子 on 2013-8-7 at 21:29 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cookee1981

银虫 (初入文坛)

怎么没有看到你在转化时的冰浴和热激这两步?
2楼2013-08-08 10:49:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

怡红痴子

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cookee1981 at 2013-08-08 10:49:23
怎么没有看到你在转化时的冰浴和热激这两步?

这两步当然做了的,只是在贴子里省略没写
3楼2013-08-08 11:00:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-08 13:54:09
空载体也有氨苄抗性,所以抗性克隆不一定有insert,因此才要筛选。一般也不用筛那么多,用菌落PCR做十几个二十个就足够,把PCR阳性的克隆摇菌再提质粒做完整鉴定(通常还需要测序)后可以进行下一步克隆。一般做克隆阳性克隆的比例在50%以上,如果比例不是太低都是可以接受的。
4楼2013-08-08 11:35:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

怡红痴子

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-08-08 11:35:15
空载体也有氨苄抗性,所以抗性克隆不一定有insert,因此才要筛选。一般也不用筛那么多,用菌落PCR做十几个二十个就足够,把PCR阳性的克隆摇菌再提质粒做完整鉴定(通常还需要测序)后可以进行下一步克隆。一般做克隆 ...

我是直接用菌液PCR验证后送呈现阳性的菌液测序,不抽提质粒的,这样做是不是不保险?
5楼2013-08-08 14:35:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenzi6337

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-08 16:35:05
引用回帖:
5楼: Originally posted by 怡红痴子 at 2013-08-08 14:35:52
我是直接用菌液PCR验证后送呈现阳性的菌液测序,不抽提质粒的,这样做是不是不保险?...

换一组引物再确认一下,可以用载体引物和目的片段引物组合,这样连正反向都可以一起鉴定了,最好再提质粒做个酶切鉴定,PCR有时不太可靠。
6楼2013-08-08 15:00:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dyyqc

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-08 16:34:50
gyesang: 回帖置顶 2013-08-08 16:34:52
我觉得可以用目的序列特异性的引物结合你所用的引物,看你的实验结果应该是连接的效率不高吧,空载太多?你连接时候,载体和PCR产物的量没控制好吧。
7楼2013-08-08 16:10:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
怡红痴子(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-08-10 14:27:14
我觉得效率也和载体本身有关系, 我用pGEM-T easy时大部分时候效率不到20%, 但是用TOPO-TA 一挑一个准. 当然这两个系统原理本身就不一样, 我的意思是楼主不用太在意效率, 我们绝大部分时候只要挑到克隆就行了.
8楼2013-08-08 18:22:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

怡红痴子

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-08-08 18:22:14
我觉得效率也和载体本身有关系, 我用pGEM-T easy时大部分时候效率不到20%, 但是用TOPO-TA 一挑一个准. 当然这两个系统原理本身就不一样, 我的意思是楼主不用太在意效率, 我们绝大部分时候只要挑到克隆就行了.

嗯,但问题是我做的是环境样品,我的目的是建一个土壤细菌含有氨氧化基因的所有类群的文库,如果效率不高的话,很可能得不到可观的实验结果
9楼2013-08-09 10:28:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 怡红痴子 at 2013-08-08 14:35:52
我是直接用菌液PCR验证后送呈现阳性的菌液测序,不抽提质粒的,这样做是不是不保险?...

PCR可能会有假阳性,如果你做了正负对照的话会好一些。一般要提质粒做酶切鉴定比较保险。
10楼2013-08-10 12:41:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 怡红痴子 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 0854求调剂 +21 门路摸摸 2026-04-15 25/1250 2026-04-17 15:45 by qzxyhcsy
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考研] 279求调剂 +13 张番茄不炒蛋 2026-04-11 13/650 2026-04-17 10:38 by cuisz
[考研] 304求调剂 +6 castLight 2026-04-16 6/300 2026-04-17 10:34 by 一切OK
[考研] 300求调剂 +11 橙a777 2026-04-15 11/550 2026-04-16 22:43 by cfdbai
[考研] 0831生医工第一轮调剂失败求助 +14 小熊睿睿_s 2026-04-11 18/900 2026-04-16 20:41 by lpl364211
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 297,工科调剂? +10 河南农业大学-能 2026-04-14 10/500 2026-04-15 21:50 by noqvsozv
[考研] 化工学硕294分,求导师收留 +32 yzyzx 2026-04-12 36/1800 2026-04-14 17:45 by lhj2009
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-11 12/600 2026-04-14 15:37 by zs92450
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 考研求调剂 +6 ban班小七 2026-04-11 6/300 2026-04-14 14:06 by 哆啦A梦只是个梦
[考研] 求调剂,985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[考研] 一志愿中南大学 0855 机械 286 求调剂 +11 不会吃肉 2026-04-12 11/550 2026-04-13 21:59 by bljnqdcc
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-11 11/550 2026-04-13 10:38 by wp06
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +8 hualkop 2026-04-11 8/400 2026-04-12 22:24 by fqwang
[考研] 346分,工科0854求调剂,专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +3 加大号饭盒袋 2026-04-10 3/150 2026-04-10 22:23 by 286640313
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +4 加大号饭盒袋 2026-04-10 4/200 2026-04-10 20:52 by gong120082
信息提示
请填处理意见