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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 线粒体测序问题
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独孤蚕

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 线粒体测序问题 已有1人参与

我现在要做一个鸽子通过线粒体 DNA 的D-loop 区突变情况进行不同品种鸽子的系统进化分析。D-loop 区是高突变区，鸽子的这段序列有两千个碱基对。现在已经设计好了一对引物，产物有 900 bp。琼脂糖跑胶效果挺好，本想通过直接测序进行序列突变分析，可测回的结果说不理想，条带很乱。问过别人，说是可能这段区域突变比较多，因为同一样本提取的线粒体细胞本身之间突变就不一致，有缺失、插入等，就会导致个样测序的混乱。这段话我不甚理解，尤其是个体不同细胞之间 DNA 序列不是一样的吗？怎么不同细胞突变也不一样呢？如果是这种情况，怎么处理我的测序结果呢？
    希望论坛里面的高手不吝赐教啊！
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1楼 2013-08-05 21:10:50
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Jianxiao_H

金虫 (正式写手)
★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-08-06 22:26:53
不同细胞所处的环境不一样，所以会产生不同的突变。
线粒体的环境没有细胞核中进化那么完善，即突变更不易被修复。
但是我也不知道该怎么处理这个结果，我也挺好奇的。帮顶。
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多少辛酸不可告人。
2楼2013-08-05 21:32:12
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独孤蚕

铁杆木虫 (著名写手)
没人啊？继续顶！
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3楼2013-08-06 15:10:49
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独孤蚕

铁杆木虫 (著名写手)
内容已删除
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4楼2013-08-06 15:12:39
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simojie

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
独孤蚕: 金币+1, ★有帮助 2013-08-06 20:29:52
个人拙见：D-loop区AT含量太高，尤其是会连续出现9、10个碱基T，这种情况下，连续碱基T之后会出现杂峰。
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厚积薄发
5楼2013-08-06 17:31:37
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独孤蚕

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by simojie at 2013-08-06 17:31:37
个人拙见：D-loop区AT含量太高，尤其是会连续出现9、10个碱基T，这种情况下，连续碱基T之后会出现杂峰。

那是不是用克隆测序，效果会好一点呢？
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6楼2013-08-06 20:30:27
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-08-06 22:27:06
如果个体细胞间的差异都如此之大的话，你用这个方法来做种群进化分析是根本行不通的，所以建议首先确定所有试验，如PCR，测序什么的都没有问题，然后再做下一步判断！
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互助互励，共奋共进！！
7楼2013-08-06 21:24:52
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独孤蚕

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Sthunder at 2013-08-06 21:24:52
如果个体细胞间的差异都如此之大的话，你用这个方法来做种群进化分析是根本行不通的，所以建议首先确定所有试验，如PCR，测序什么的都没有问题，然后再做下一步判断！

的确，如果是这样的话，就做不了进化分析了。如果个体细胞间没有什么差异的话，缺失、插入突变杂合体应该也会导致错峰。如果只有一个两个这种突变，还好办；现在这个D-loop区是高突变区，很多个这种突变杂合体就使得序列峰图很乱了。现在的问题是，怎么在这么乱的峰图中找出正确的序列。
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8楼2013-08-07 10:37:54
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 独孤蚕 at 2013-08-07 10:37:54
的确，如果是这样的话，就做不了进化分析了。如果个体细胞间没有什么差异的话，缺失、插入突变杂合体应该也会导致错峰。如果只有一个两个这种突变，还好办；现在这个D-loop区是高突变区，很多个这种突变杂合体就使 ...

我觉得你首先要确定的是测序是否正确，将同一个克隆，分别测序多次，然后将结果进行比对，看是否一致！如果测序没问题，但不同克隆间差异又很大的话，你就尽快放弃吧！Good luck！
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互助互励，共奋共进！！
9楼2013-08-07 21:50:44
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iwesternlife

新虫 (初入文坛)
很好奇，帮顶！
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10楼2013-09-23 11:19:59
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