我现在要做一个鸽子通过线粒体 DNA 的D-loop 区突变情况进行不同品种鸽子的系统进化分析。D-loop 区是高突变区，鸽子的这段序列有两千个碱基对。现在已经设计好了一对引物，产物有 900 bp。琼脂糖跑胶效果挺好，本想通过直接测序进行序列突变分析，可测回的结果说不理想，条带很乱。问过别人，说是可能这段区域突变比较多，因为同一样本提取的线粒体细胞本身之间突变就不一致，有缺失、插入等，就会导致个样测序的混乱。这段话我不甚理解，尤其是个体不同细胞之间 DNA 序列不是一样的吗？怎么不同细胞突变也不一样呢？如果是这种情况，怎么处理我的测序结果呢？
希望论坛里面的高手不吝赐教啊！
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，我也挺好奇的。帮顶。 