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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR结果为目的条带，可是测序同源比对很差，这是为什么呀？ 求助！！！
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殷筱婕

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR结果为目的条带，可是测序同源比对很差，这是为什么呀？ 求助！！！

我拿山羊NCBI上登录的序列来设计引物，PCR后连接载体，菌液测序，结果再与原序列比对，同源性很差，表现为断断续续的。怀疑测的是载体的那一段，于是又直接测PCR产物，结果一样。为什么扩出来的片段没问题，测序是这种结果？请问是什么原因呢？有没什么可以解决的办法呢？谢谢，请各位大神帮帮忙！！！
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1楼 2013-07-19 21:54:57
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zxf427427

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

把引物拿去ncbi blast  看是否和其他片段也能结合 刚好扩出来同样大小片段
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5楼2013-09-29 09:51:13
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yesali

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
比对一下氨基酸看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-07-19 22:13:34
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
殷筱婕(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-20 10:45:25
你换个测序公司 试试看呢，如果还是这样，那就可能是你扩增的不对或者序列本身就不对
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3楼2013-07-19 22:13:46
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雅娣

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-31 22:42:03
我遇到过这样的情况，PCR条带很亮说明某个长度的DNA被扩出来了，但是比对的结果不好就说明提出来的DNA不是目的DNA，是其他东西。。也有可能是引物的问题，扩出来的不是目的基因。。
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4楼2013-07-31 22:30:47
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