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殷筱婕

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR结果为目的条带,可是测序同源比对很差,这是为什么呀? 求助!!!

我拿山羊NCBI上登录的序列来设计引物,PCR后连接载体,菌液测序,结果再与原序列比对,同源性很差,表现为断断续续的。怀疑测的是载体的那一段,于是又直接测PCR产物,结果一样。为什么扩出来的片段没问题,测序是这种结果?请问是什么原因呢?有没什么可以解决的办法呢?谢谢,请各位大神帮帮忙!!!
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
殷筱婕(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-20 10:45:25
你换个测序公司 试试看呢,如果还是这样,那就可能是你扩增的不对或者序列本身就不对
3楼2013-07-19 22:13:46
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yesali

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
比对一下氨基酸看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-07-19 22:13:34
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雅娣

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-31 22:42:03
我遇到过这样的情况,PCR条带很亮说明某个长度的DNA被扩出来了,但是比对的结果不好就说明提出来的DNA不是目的DNA,是其他东西。。也有可能是引物的问题,扩出来的不是目的基因。。
4楼2013-07-31 22:30:47
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zxf427427

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

把引物拿去ncbi blast  看是否和其他片段也能结合 刚好扩出来同样大小片段
5楼2013-09-29 09:51:13
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