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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR结果为目的条带，可是测序同源比对很差，这是为什么呀？ 求助！！！
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殷筱婕

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR结果为目的条带，可是测序同源比对很差，这是为什么呀？ 求助！！！

我拿山羊NCBI上登录的序列来设计引物，PCR后连接载体，菌液测序，结果再与原序列比对，同源性很差，表现为断断续续的。怀疑测的是载体的那一段，于是又直接测PCR产物，结果一样。为什么扩出来的片段没问题，测序是这种结果？请问是什么原因呢？有没什么可以解决的办法呢？谢谢，请各位大神帮帮忙！！！
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1楼 2013-07-19 21:54:57
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yesali

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
比对一下氨基酸看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-07-19 22:13:34
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
殷筱婕(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-20 10:45:25
你换个测序公司 试试看呢，如果还是这样，那就可能是你扩增的不对或者序列本身就不对
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3楼2013-07-19 22:13:46
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雅娣

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-31 22:42:03
我遇到过这样的情况，PCR条带很亮说明某个长度的DNA被扩出来了，但是比对的结果不好就说明提出来的DNA不是目的DNA，是其他东西。。也有可能是引物的问题，扩出来的不是目的基因。。
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4楼2013-07-31 22:30:47
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zxf427427

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

把引物拿去ncbi blast  看是否和其他片段也能结合 刚好扩出来同样大小片段
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5楼2013-09-29 09:51:13
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taccycle

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你应该在PCR之后就对PCR产物进行测序，如果是你的目的片段，你再做连接，如果不是你的目的序列，你要检查一下是不是引物特异性差还是说你的山羊品种和数据库中的不一样，你可以把你的引物在NCBI的Primer-BLAST 上balst一下，看看能不能扩增出你的目的片段
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用心
6楼2013-10-16 15:37:29
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xfyangsibs

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

说明你扩增到的就不是目的条带啊，大小什么的不说明问题，测序一般不会出错，建议换引物。
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7楼2013-10-17 09:46:55
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