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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 提取细菌基因组DNA时总是会有蛋白残留
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植语

金虫 (小有名气)

[求助] 提取细菌基因组DNA时总是会有蛋白残留

提取细菌基因组DNA时总是会有蛋白残留，电泳时，用不同浓度的胶跑出来的效果差距也很远，左边是0.6%的胶右边是1.0%的胶，，加样孔下方一点点的亮条带是不是蛋白残留的结果啊？
提取细菌基因组DNA时总是会有蛋白残留
DSC00591.JPG
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1楼 2013-07-17 16:25:31
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huanghznd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
植语(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-07-17 16:37:10
是的。细菌基因组DNA时有蛋白残留时，跑胶有拖带的现象，胶浓度低，孔径大，拖得更明显。点样孔下的残留的就是蛋白。可以用酚氯仿重新抽提，可以去除一此蛋白。
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植语
2楼2013-07-17 16:32:58
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植语

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huanghznd at 2013-07-17 16:32:58
是的。细菌基因组DNA时有蛋白残留时，跑胶有拖带的现象，胶浓度低，孔径大，拖得更明显。点样孔下的残留的就是蛋白。可以用酚氯仿重新抽提，可以去除一此蛋白。

之前纯化过，还是会有，后来换了新的酚氯仿，好了一些，，但做PCR还是得不到目标条带，，，不知道多糖残留会不会也是像图中那样，加样孔下面一点点有亮带，，还有，提的DNA用水溶解有时会很粘稠，不知道是残留了什么？  也很想知道我是用CTAB法提的DNA，不知道SDS和CTAB是在哪步被去除的，，是用异丙醇沉淀的时候溶解在了异丙醇里吗？说是CTAB易溶于异丙醇
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3楼2013-07-17 22:17:57
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人
看看OD260/OD280的比例对不对,就能确定蛋白残留量有多少
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
4楼2013-07-18 00:37:38
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
植语: 金币+5, ★有帮助 2013-07-19 10:46:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by 植语 at 2013-07-17 22:17:57
之前纯化过，还是会有，后来换了新的酚氯仿，好了一些，，但做PCR还是得不到目标条带，，，不知道多糖残留会不会也是像图中那样，加样孔下面一点点有亮带，，还有，提的DNA用水溶解有时会很粘稠，不知道是残留了什 ...

如果只是做PCR的模板，DNA不用很纯，按照普通方法提就行了，也不用特意去掉残留的蛋白和多糖。PCR中的模板所用的基因组DNA用量非常少，一般提出来的gDNA要经过稀释，细菌用1-10ng就够了。
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5楼2013-07-18 01:48:32
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maidi12

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
6楼2013-07-18 08:39:23
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
植语: 金币+3, ★有帮助 2013-07-19 10:46:17
成像的时候你是不是把托盘也放进去了？
点样孔有残留首先要排除制胶的问题，看marker孔是否也同样残留。
如排除胶的问题，那建议用低浓度（0.6-0.8%）的胶，5V/cm慢慢跑。
不过其实有一点点蛋白残留一般也不影响PCR。
另外就是在提取过程如果是酚/氯仿抽取时要充分振荡、混匀而且吸取上清时注意不要吸到中间层的蛋白沉淀。
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伟大航线....
7楼2013-07-18 10:14:30
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植语

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-18 01:48:32
如果只是做PCR的模板，DNA不用很纯，按照普通方法提就行了，也不用特意去掉残留的蛋白和多糖。PCR中的模板所用的基因组DNA用量非常少，一般提出来的gDNA要经过稀释，细菌用1-10ng就够了。...

DNA用量这么少？我跑PCR，25ul的体系，用的量在50ng左右是不是反而会出不了目标条带？
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8楼2013-07-18 14:53:13
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植语

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by longrna at 2013-07-18 10:14:30
成像的时候你是不是把托盘也放进去了？
点样孔有残留首先要排除制胶的问题，看marker孔是否也同样残留。
如排除胶的问题，那建议用低浓度（0.6-0.8%）的胶，5V/cm慢慢跑。
不过其实有一点点蛋白残留一般也不影响 ...

想知道是不是提细菌基因组DNA一般都会有蛋白或其他杂质残留？
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9楼2013-07-18 14:54:05
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 植语 at 2013-07-18 14:53:13
DNA用量这么少？我跑PCR，25ul的体系，用的量在50ng左右是不是反而会出不了目标条带？...

50ng是稍微多一点，不过也不算特别多，可以P出来的。
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10楼2013-07-19 01:03:09
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