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甘草桔梗

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎样判断一个新基因序列完不完整呢?

小虫用转录组数据库的unigene和3‘race获得了1600左右的序列,3'基本完整,5‘端做了一次步移。测序回来的结果是步移序列3’端80bp左右认为是该蛋白,之前的400bp则比对不上,这里怀疑是内含子。
用几种软件进行ORF分析,均表示该原有序列(不含这次步移增加的序列,增加步移获得的400bp去分析仍为同样的ORF)含有一个翻译411个氨基酸的读码框,但是该411氨基酸均是从其他物种该蛋白的200位之后开始的。
请问,能否认为已经获得了完整的ORF?
本人觉得不是,但是,请问高手有什么办法继续推进呢?
不胜感激啊!
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