| 查看: 1399 | 回复: 2 | |||
不叶珏铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
在网页上BLAST和本地BLAST的结果不一致
|
|
最近我在其他绿色植物中找TE序列，我发现在网页上进行blastn是可以找到很长的片段：比如在网页上我能得到4000bp多的match。 但是我把这个genome下载下来进行本地blastn的时候，就只能得到一些很短的片段： 这里就只有1300bp左右了。 网站是：http://www.phytozome.org/search.php 我的本地blastn的参数是：blastall -p blastn -e 1e-5 -I T -F F -d XXX -i XXX -o XXX 另外，这个网站上用的也是NCBI BLAST。所以程序是一样的。 我也有把在网页上match的对应的genome序列拿下来在本地的genome上去找，能找到这段序列。说明genome是一样的。 所以我就不明白为什么我会出现这种问题了，请各位指点一下，谢谢。 [ Last edited by 不叶珏 on 2013-5-14 at 14:08 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 生物软件 |
» 猜你喜欢
085410 273求调剂
已经有9人回复
-
297求调剂
已经有16人回复
-
291求调剂
已经有11人回复
-
计算机22408 281分，求调剂
已经有7人回复
-
316求调剂
已经有5人回复
-
一志愿郑州大学 22408 305分求调剂
已经有5人回复
-
299求调剂
已经有8人回复
-
312求调剂
已经有6人回复
-
280求调剂
已经有10人回复
-
280求调剂
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢
已经有7人回复
- 求教NCBI上BLAST的知识
已经有6人回复
- blast中标题是怎么定义的？
已经有6人回复
- 如何选择blast的结果来建树
已经有3人回复
- 重装java，但blastgo不能用了，有木有？
已经有3人回复
- 请问：NCBI Blast里得出的序列的 e value是什么意思？
已经有7人回复
- 基因测序结果比对
已经有5人回复
- 如何使用blast建立本地数据库（我下了很多fasta文件存放在一个文件夹里）
已经有4人回复
- 求问：解读NCBI 保守结构域分析结果
已经有11人回复
- 已取得基因反向测序结果，要先如何处理再上blast比对？
已经有4人回复
- PCR后测序，blast最高匹配度只有32%
已经有3人回复
- NCBI中的BLAST使用
已经有12人回复
- 细菌鉴定--blast后一定要再到Genbank中检索才能确定什么菌，得到accession number吗？
已经有12人回复
- NCBI上BLAST结果的标题翻译成中文，怎么样更准确？
已经有3人回复
- Blast哪里下载？
已经有5人回复
- blast中序列种属问题
已经有4人回复
- 【交流】Blast比对结果解惑
已经有11人回复
- 【求助/交流】论文中的引物可否信任？ blast发现特异性不好为什么？谢谢大家
已经有14人回复
- 【求助/交流】请教blast结果的解读
已经有6人回复
- 【求助/交流】请教大家，genebank中的blast怎么用？
已经有4人回复
- 【求助/交流】NCBI中对设计的引物blast时E值怎么看？
已经有5人回复
- NCBI blast 结果一些参数的含义求高手指点
已经有12人回复
- 【分享】 在NCBI上使用BLAST等工具的心得【已搜索无重复】
已经有58人回复
不叶珏
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 48 (小学生)
- 金币: 7088.7
- 散金: 1000
- 红花: 11
- 帖子: 665
- 在线: 137.9小时
- 虫号: 981308
- 注册: 2010-03-24
- 性别: GG
- 专业: 遗传学与生物信息学
2楼2013-05-14 14:28:32
libranjie
木虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1570.9
- 散金: 75
- 红花: 8
- 帖子: 147
- 在线: 89.3小时
- 虫号: 2535241
- 注册: 2013-07-06
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2013-07-06 21:24:50
