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不叶珏铁杆木虫 (正式写手)
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在网页上BLAST和本地BLAST的结果不一致
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最近我在其他绿色植物中找TE序列，我发现在网页上进行blastn是可以找到很长的片段：比如在网页上我能得到4000bp多的match。 但是我把这个genome下载下来进行本地blastn的时候，就只能得到一些很短的片段： 这里就只有1300bp左右了。 网站是：http://www.phytozome.org/search.php 我的本地blastn的参数是：blastall -p blastn -e 1e-5 -I T -F F -d XXX -i XXX -o XXX 另外，这个网站上用的也是NCBI BLAST。所以程序是一样的。 我也有把在网页上match的对应的genome序列拿下来在本地的genome上去找，能找到这段序列。说明genome是一样的。 所以我就不明白为什么我会出现这种问题了，请各位指点一下，谢谢。 [ Last edited by 不叶珏 on 2013-5-14 at 14:08 ] |
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