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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 在网页上BLAST和本地BLAST的结果不一致
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不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 在网页上BLAST和本地BLAST的结果不一致

最近我在其他绿色植物中找TE序列，我发现在网页上进行blastn是可以找到很长的片段：比如在网页上我能得到4000bp多的match。
但是我把这个genome下载下来进行本地blastn的时候，就只能得到一些很短的片段：
这里就只有1300bp左右了。

网站是：http://www.phytozome.org/search.php

我的本地blastn的参数是：blastall -p blastn -e 1e-5 -I T -F F -d XXX -i XXX -o XXX

另外，这个网站上用的也是NCBI BLAST。所以程序是一样的。
我也有把在网页上match的对应的genome序列拿下来在本地的genome上去找，能找到这段序列。说明genome是一样的。
所以我就不明白为什么我会出现这种问题了，请各位指点一下，谢谢。

[ Last edited by 不叶珏 on 2013-5-14 at 14:08 ]
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1楼 2013-05-14 14:06:17
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libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主是不是使用的blastn，建议你是用megablast，另外将屏蔽复杂区域。
megablast -F T -i query.fasta -d subject.fasta -o result.m0
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3楼2013-07-06 21:24:50
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