24小时热门版块排行榜    

查看: 1500  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 在网页上BLAST和本地BLAST的结果不一致

最近我在其他绿色植物中找TE序列,我发现在网页上进行blastn是可以找到很长的片段:比如在网页上我能得到4000bp多的match。
但是我把这个genome下载下来进行本地blastn的时候,就只能得到一些很短的片段:
这里就只有1300bp左右了。

网站是:http://www.phytozome.org/search.php

我的本地blastn的参数是:blastall -p blastn -e 1e-5 -I T -F F -d XXX -i XXX -o XXX

另外,这个网站上用的也是NCBI BLAST。所以程序是一样的。
我也有把在网页上match的对应的genome序列拿下来在本地的genome上去找,能找到这段序列。说明genome是一样的。
所以我就不明白为什么我会出现这种问题了,请各位指点一下,谢谢。

[ Last edited by 不叶珏 on 2013-5-14 at 14:08 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

借你一生好不好
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主是不是使用的blastn,建议你是用megablast,另外将屏蔽复杂区域。
megablast -F T -i query.fasta -d subject.fasta -o result.m0
3楼2013-07-06 21:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-25 01:47 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-24 21:59 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见