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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求教NCBI上BLAST的知识
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kuan1989

木虫 (正式写手)

[求助] 求教NCBI上BLAST的知识

在NCBI上进行序列比对以后，出来很多结果，这些结果会按照一定的顺序（相似度）排列，请高人指点Max score，        Total score        ，Query coverage，        E value，        Max ident        Links  。该如何解读？如何参考这些指数的大小？
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太多璀璨的，越隔着夜色，越光芒四射！
1楼 2012-11-16 16:15:14
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seamas_gao

金虫 (小有名气)

兴废栽桐虫

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
1949stone: 金币+1, 鼓励 2012-11-17 09:55:06
1949stone: 可以详细说一下啊 普及啊 2012-11-17 09:55:36
E value 是越小越相似，相它是越大越相似，links不用管
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努力栽种梧桐树~
2楼2012-11-16 16:22:30
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1220608920

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
1949stone: 金币+1, 可以详解一下 2012-11-17 09:55:20
我个人认为Max ident是最有参考价值的
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3楼2012-11-16 20:38:51
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kuan1989

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by seamas_gao at 2012-11-16 16:22:30
E value 是越小越相似，相它是越大越相似，links不用管

请问这几个参数都是什么意思，怎么理解？
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太多璀璨的，越隔着夜色，越光芒四射！
4楼2012-11-17 09:38:57
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tupac225

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kuan1989: 金币+8, ★★★★★最佳答案 2012-11-17 22:37:37
Max score，        Total score        ，Query coverage，        E value，        Max ident        Links
Max score是最大的得分，就是字节数，比如8个碱基相同，那就是就是16.
E value 是期望值，
Query coverage是相同碱基占总数的百分比，
max identity 是最大相同度，这个和max score基本一致，出入不是太大
links我不太知道
希望对你有帮助。
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coasttocoast。
5楼2012-11-17 10:29:25
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米夏girl

铜虫 (小有名气)
楼主大人~看您发这个帖子是在2012年，过去很久啦，我也有同样的问题。
经过了4年，帖子里的问题你是不是已经清楚啦？
可不可以指导下：
1.Max score，Total score，Query coverage，  E value，  Max ident Links  。该如何解读？如何参考这些指数的大小？
哪个指数更重要？
2.“Query cover”值和“Ident”值都相等，但是结果却不相同，有时候是同属的不同种，有时候甚至不同属，这种情况应该怎么处理？
有时候“Query cover”值很高但是“Ident”值低，或者“Query cover”值很低但是“Ident”值高，这种情况下该优先考虑按个值呢？
3.BLAST结果的自动排列顺序是按什么来的？自动排列顺序的先后有参考价值么？
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6楼2016-11-17 08:19:55
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xiaoshaozi22

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 米夏girl at 2016-11-17 08:19:55
楼主大人~看您发这个帖子是在2012年，过去很久啦，我也有同样的问题。
经过了4年，帖子里的问题你是不是已经清楚啦？
可不可以指导下：
1.Max score，Total score，Query coverage，  E value，  Max ident Link ...

专业的人员都很难搞懂

发自小木虫Android客户端
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7楼2016-11-18 01:10:15
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