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kuan1989

木虫 (正式写手)

[求助] 求教NCBI上BLAST的知识

在NCBI上进行序列比对以后,出来很多结果,这些结果会按照一定的顺序(相似度)排列,请高人指点Max score,        Total score        ,Query coverage,        E value,        Max ident        Links  。该如何解读?如何参考这些指数的大小?
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太多璀璨的,越隔着夜色,越光芒四射!
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kuan1989

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by seamas_gao at 2012-11-16 16:22:30
E value 是越小越相似,相它是越大越相似,links不用管

请问这几个参数都是什么意思,怎么理解?
太多璀璨的,越隔着夜色,越光芒四射!
4楼2012-11-17 09:38:57
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seamas_gao

金虫 (小有名气)

兴废栽桐虫

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
1949stone: 金币+1, 鼓励 2012-11-17 09:55:06
1949stone: 可以详细说一下啊 普及啊 2012-11-17 09:55:36
E value 是越小越相似,相它是越大越相似,links不用管
努力栽种梧桐树~
2楼2012-11-16 16:22:30
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1220608920

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
1949stone: 金币+1, 可以详解一下 2012-11-17 09:55:20
我个人认为Max ident是最有参考价值的
3楼2012-11-16 20:38:51
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tupac225

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kuan1989: 金币+8, ★★★★★最佳答案 2012-11-17 22:37:37
Max score,        Total score        ,Query coverage,        E value,        Max ident        Links
Max score是最大的得分,就是字节数,比如8个碱基相同,那就是就是16.
E value 是期望值,
Query coverage是相同碱基占总数的百分比,
max identity 是最大相同度,这个和max score基本一致,出入不是太大
links我不太知道
希望对你有帮助。
coasttocoast。
5楼2012-11-17 10:29:25
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