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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何选择blast的结果来建树
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skzoubo

木虫 (正式写手)

[交流] 如何选择blast的结果来建树

我做DGGE后，将条带切下，进行测序，之后进行blast搜索以，发现很多都是相似度99%的，而且绝大多数都是未培养菌，请问，建系统发育树的时候应该如何选择这些菌株，一般一个序列搜索出来的结果选择几个来坐进化树呢？
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1楼 2012-09-12 15:44:27
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cexoihtydx

金虫 (正式写手)
★
skzoubo(金币+1): 谢谢参与
你的基因所在的家族应该还有很多其他的基因吧?个人认为可以找文献报道过同时又出现在你blast结果中的序列来建树
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3楼2012-09-12 18:29:23
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skzoubo

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cexoihtydx at 2012-09-12 18:29:23
你的基因所在的家族应该还有很多其他的基因吧?个人认为可以找文献报道过同时又出现在你blast结果中的序列来建树

实际上这只是我试验中的一个很小的部分，我从来都不搞微生物的，唉，现在只能疯狂的看文献了
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-19 17:29:05
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taotaower2楼
2012-09-12 16:12   回复  
skzoubo(金币+1): 谢谢参与
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