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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 土壤总DNA的荧光定量PCR引物
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crazymouse66

金虫 (正式写手)

[求助] 土壤总DNA的荧光定量PCR引物

请问大家，在做土壤总DNA的荧光定量PCR时，大家用的是16sRNA的哪两对引物啊？我在网上找了一对926f5’ AAA CTC AAA GGA ATT GAC GG 3'和1100r5’ GGG TTG CGC TCG TTG 3'，不知道这对行不行呢？还有，在别人的论文看到一对引物的长度193bp，但是他是用来做基因扩增的，而且这段引物的正向很长，有57个碱基，如下图显示的。请问这两对引物哪一对比较适合呢？或者说大家还有更适合的吗？谢谢大家。

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1楼 2013-04-10 21:04:36
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genolab

金虫 (著名写手)
57个碱基的引物是DGGE用的引物，是含有GC夹子的。不能用于QPCR。你可以将GC夹子序列去掉，就可以使用了。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

crazymouse66
3楼2013-04-11 09:00:35
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
crazymouse66: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 真的十分感谢，谢谢你的帮助。 2013-04-11 08:41:19
zhangxingc: MicEPI+1, 很有价值！欢迎常到微生物版 2013-04-11 08:51:57
bacterial
Q16S-1 F 5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3'     
Q16S-1 R 5'-ATTACCGCGGCTGCTGG-3'           
Reference: Dynamics of bacterial communities during solid-state fermentation using agro-industrial wastes to produce poly-γ-glutamic acid, revealed by real-time PCR and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)
我们实验室用的这个
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
2楼2013-04-10 23:44:14
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crazymouse66

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by genolab at 2013-04-11 09:00:35
57个碱基的引物是DGGE用的引物，是含有GC夹子的。不能用于QPCR。你可以将GC夹子序列去掉，就可以使用了。

谢谢你
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4楼2013-04-11 20:55:54
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