24小时热门版块排行榜    

查看: 5314  |  回复: 13

高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉?

因为要进行对接 从网上下载了几个大分子蛋白进行对接 由于里面都有小分子配体 需要把他抽提删掉。请问该怎么做呢?目前在用sybyl ,autodock这两个软件,不太会用 请教一下。谢谢各位!
另外导师说这几个酶里的小分子配体都与其形成了共价键 有什么办法把他删掉呢 ? 具体怎么操作呢?

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-7 at 14:15 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下载安装个pymol软件,选中小分子删除即可。。。。
2楼2013-04-07 16:46:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在mgltools中,展开大分子的氨基酸序列,找到非氨基酸系列的标号,选中,然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令,remove solvent 移除溶剂,remove organic 移除小分子。
3楼2013-04-07 16:55:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
更简单的方法是,用word打开,看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦
4楼2013-04-07 18:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
DS中操作:ctrl+H,然后在左边一列看到你要操作的分子的具体原子信息。找到你想删除的小分子配体,选中,之后DELETE。
努力的生活着
5楼2013-04-07 18:55:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-07 16:55:19
在mgltools中,展开大分子的氨基酸序列,找到非氨基酸系列的标号,选中,然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令,remove solvent 移除溶剂,remove organic 移除小分子。

谢谢了! 但是我这个小分子配体与大分子蛋白成共价键了。我断开之后发现成共价键的地方无法加H 很郁闷。。
6楼2013-04-08 14:18:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wuhaigang at 2013-04-07 18:01:16
更简单的方法是,用word打开,看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦

谢啦!!
7楼2013-04-08 14:18:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-07 18:55:36
DS中操作:ctrl+H,然后在左边一列看到你要操作的分子的具体原子信息。找到你想删除的小分子配体,选中,之后DELETE。

谢谢!!
8楼2013-04-08 14:18:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
都很麻烦,直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb
9楼2013-04-08 22:23:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by xuxm03 at 2013-04-08 22:23:50
都很麻烦,直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb

都很麻烦,直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb > apoprotein.pdb
10楼2013-04-08 22:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 高興丶 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +3 熬夜的猫头鹰 2026-03-02 3/150 2026-03-02 11:45 by 刘兵
[考研] 材料学硕318求调剂 +7 February_Feb 2026-03-01 7/350 2026-03-02 10:57 by 无际的草原
[考研] 275求调剂 +3 L-xin? 2026-03-01 6/300 2026-03-02 10:22 by 热情沙漠
[考研] 0856材料调剂 +4 沿岸有贝壳OUC 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:19 by 公瑾逍遥
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:16 by 13853210211
[考研] 322求调剂 +3 熊境喆 2026-03-01 3/150 2026-03-02 08:44 by houyaoxu
[考研] 哈工大计算机刘劼团队招生 +3 hit_aiot 2026-03-01 5/250 2026-03-02 07:48 by 得鹿梦鱼111
[考研] 材料化工调剂 +12 今夏不夏 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:32 by L135790
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +3 Qwertyuop 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:18 by aaadim
[基金申请] 成果系统访问量大,请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦,已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[考研] 0805总分292,求调剂 +7 幻想之殇 2026-03-01 7/350 2026-03-01 21:22 by 公瑾逍遥
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 272求调剂 +6 材紫有化 2026-02-28 6/300 2026-03-01 18:58 by 18137688336
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 材料284求调剂,一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
请填处理意见