应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
141/2返回列表12下一页
查看: 5832  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？

因为要进行对接 从网上下载了几个大分子蛋白进行对接 由于里面都有小分子配体 需要把他抽提删掉。请问该怎么做呢？目前在用sybyl ，autodock这两个软件，不太会用 请教一下。谢谢各位！
另外导师说这几个酶里的小分子配体都与其形成了共价键 有什么办法把他删掉呢 ？ 具体怎么操作呢？

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-7 at 14:15 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-07 13:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
下载安装个pymol软件，选中小分子删除即可。。。。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-07 16:46:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在mgltools中，展开大分子的氨基酸序列，找到非氨基酸系列的标号，选中，然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-07 16:55:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
更简单的方法是，用word打开，看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-07 18:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
DS中操作：ctrl+H，然后在左边一列看到你要操作的分子的具体原子信息。找到你想删除的小分子配体，选中，之后DELETE。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
5楼2013-04-07 18:55:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-07 16:55:19
在mgltools中，展开大分子的氨基酸序列，找到非氨基酸系列的标号，选中，然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子。

谢谢了！ 但是我这个小分子配体与大分子蛋白成共价键了。我断开之后发现成共价键的地方无法加H 很郁闷。。
赞一下 回复此楼
6楼2013-04-08 14:18:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wuhaigang at 2013-04-07 18:01:16
更简单的方法是，用word打开，看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦

谢啦！！
回复此楼
7楼2013-04-08 14:18:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-07 18:55:36
DS中操作：ctrl+H，然后在左边一列看到你要操作的分子的具体原子信息。找到你想删除的小分子配体，选中，之后DELETE。

谢谢！！
回复此楼
8楼2013-04-08 14:18:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-08 22:23:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xuxm03 at 2013-04-08 22:23:50
都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb

都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb > apoprotein.pdb
赞一下 回复此楼
10楼2013-04-08 22:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 高興丶 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +36 医学老男孩 2026-08-13 85/4250 2026-08-17 21:23 by lcmdlut
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +5 angus9576 2026-08-17 9/450 2026-08-17 20:57 by ssxclkj
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭