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高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉?

因为要进行对接 从网上下载了几个大分子蛋白进行对接 由于里面都有小分子配体 需要把他抽提删掉。请问该怎么做呢?目前在用sybyl ,autodock这两个软件,不太会用 请教一下。谢谢各位!
另外导师说这几个酶里的小分子配体都与其形成了共价键 有什么办法把他删掉呢 ? 具体怎么操作呢?

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-7 at 14:15 ]
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高興丶

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-07 16:55:19
在mgltools中,展开大分子的氨基酸序列,找到非氨基酸系列的标号,选中,然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令,remove solvent 移除溶剂,remove organic 移除小分子。

谢谢了! 但是我这个小分子配体与大分子蛋白成共价键了。我断开之后发现成共价键的地方无法加H 很郁闷。。
6楼2013-04-08 14:18:03
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下载安装个pymol软件,选中小分子删除即可。。。。
2楼2013-04-07 16:46:41
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在mgltools中,展开大分子的氨基酸序列,找到非氨基酸系列的标号,选中,然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令,remove solvent 移除溶剂,remove organic 移除小分子。
3楼2013-04-07 16:55:19
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
更简单的方法是,用word打开,看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦
4楼2013-04-07 18:01:16
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