24小时热门版块排行榜    

查看: 5311  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉?

因为要进行对接 从网上下载了几个大分子蛋白进行对接 由于里面都有小分子配体 需要把他抽提删掉。请问该怎么做呢?目前在用sybyl ,autodock这两个软件,不太会用 请教一下。谢谢各位!
另外导师说这几个酶里的小分子配体都与其形成了共价键 有什么办法把他删掉呢 ? 具体怎么操作呢?

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-7 at 14:15 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在mgltools中,展开大分子的氨基酸序列,找到非氨基酸系列的标号,选中,然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令,remove solvent 移除溶剂,remove organic 移除小分子。
3楼2013-04-07 16:55:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下载安装个pymol软件,选中小分子删除即可。。。。
2楼2013-04-07 16:46:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
更简单的方法是,用word打开,看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦
4楼2013-04-07 18:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
DS中操作:ctrl+H,然后在左边一列看到你要操作的分子的具体原子信息。找到你想删除的小分子配体,选中,之后DELETE。
努力的生活着
5楼2013-04-07 18:55:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 哈工大计算机刘劼团队招生 +3 hit_aiot 2026-03-01 5/250 2026-03-02 07:48 by 得鹿梦鱼111
[考研] 0854复试调剂 276 +4 wmm9 2026-03-01 5/250 2026-03-02 06:41 by 汪!?!
[考研] 材料复试调剂 +3 学材料的点 2026-03-01 4/200 2026-03-02 00:07 by ccp273206157
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分,求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +3 Qwertyuop 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:18 by aaadim
[考研] 0856调剂 +5 刘梦微 2026-02-28 5/250 2026-03-01 22:30 by wang_dand
[考研] 275求调剂 +3 明远求学 2026-03-01 3/150 2026-03-01 22:29 by 刘兵
[考研] 295求调剂 +7 19171856320 2026-02-28 7/350 2026-03-01 18:54 by 18137688336
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +5 弗格个 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by sunny81
[考研] 281求调剂 +4 2026计算机_诚心 2026-03-01 7/350 2026-03-01 17:20 by 2026计算机_诚心
[考研] 化工专硕342,一志愿大连理工大学,求调剂 +3 kyf化工 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:49 by yywzz
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-02-28 7/350 2026-03-01 15:14 by wjLi2017
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +3 gaoxiaoniuma 2026-02-28 4/200 2026-03-01 14:30 by jjj三跨
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[论文投稿] Optics letters投稿被拒求助 30+3 luckyry 2026-02-26 4/200 2026-03-01 09:06 by babero
[考研] 材料调剂 +4 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 4/200 2026-03-01 00:38 by 猫猫球alter
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
信息提示
请填处理意见