应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
141/2返回列表12下一页
查看: 5307  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？

因为要进行对接 从网上下载了几个大分子蛋白进行对接 由于里面都有小分子配体 需要把他抽提删掉。请问该怎么做呢？目前在用sybyl ，autodock这两个软件，不太会用 请教一下。谢谢各位！
另外导师说这几个酶里的小分子配体都与其形成了共价键 有什么办法把他删掉呢 ？ 具体怎么操作呢？

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-7 at 14:15 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-07 13:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
下载安装个pymol软件，选中小分子删除即可。。。。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-07 16:46:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在mgltools中，展开大分子的氨基酸序列，找到非氨基酸系列的标号，选中，然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-07 16:55:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
更简单的方法是，用word打开，看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-07 18:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
DS中操作：ctrl+H，然后在左边一列看到你要操作的分子的具体原子信息。找到你想删除的小分子配体，选中，之后DELETE。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
5楼2013-04-07 18:55:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-07 16:55:19
在mgltools中，展开大分子的氨基酸序列，找到非氨基酸系列的标号，选中，然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子。

谢谢了！ 但是我这个小分子配体与大分子蛋白成共价键了。我断开之后发现成共价键的地方无法加H 很郁闷。。
赞一下 回复此楼
6楼2013-04-08 14:18:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wuhaigang at 2013-04-07 18:01:16
更简单的方法是，用word打开，看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦

谢啦！！
回复此楼
7楼2013-04-08 14:18:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-07 18:55:36
DS中操作：ctrl+H，然后在左边一列看到你要操作的分子的具体原子信息。找到你想删除的小分子配体，选中，之后DELETE。

谢谢！！
回复此楼
8楼2013-04-08 14:18:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-08 22:23:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xuxm03 at 2013-04-08 22:23:50
都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb

都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb > apoprotein.pdb
赞一下 回复此楼
10楼2013-04-08 22:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 高興丶 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +3 pin8023 2026-02-28 5/250 2026-03-02 00:24 by 花YOU重开日
[考研] 284求调剂 +8 天下熯 2026-02-28 8/400 2026-03-02 00:15 by 暮雨星晴
[考研] 材料学硕318求调剂 +11 February_Feb 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:53 by ccp273206157
[考研] 292求调剂 +6 yhk_819 2026-02-28 6/300 2026-03-01 23:23 by 向上的胖东
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +3 Qwertyuop 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:18 by aaadim
[考研] 0854复试调剂 276 +3 wmm9 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:13 by 热情沙漠
[考研] 材料类求调剂 +10 wana_kiko 2026-02-28 12/600 2026-03-01 22:10 by 海嵙Y
[考研] 272求调剂 +6 田智友 2026-02-28 6/300 2026-03-01 21:40 by 公瑾逍遥
[考研] 0856求调剂285 +10 吕仔龙 2026-02-28 10/500 2026-03-01 21:37 by 公瑾逍遥
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 12/600 2026-03-01 19:48 by 好好好1233
[考研] 0856化工专硕求调剂 +12 董boxing 2026-03-01 12/600 2026-03-01 19:45 by 材子momo
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 材料学调剂 +9 提神豆沙包 2026-02-28 11/550 2026-03-01 18:15 by ms629
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博！
[考研] 281求调剂 +4 2026计算机_诚心 2026-03-01 7/350 2026-03-01 17:20 by 2026计算机_诚心
[考研] 化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂 +3 kyf化工 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:49 by yywzz
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭