应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
51/1返回列表
查看: 5312  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？

因为要进行对接 从网上下载了几个大分子蛋白进行对接 由于里面都有小分子配体 需要把他抽提删掉。请问该怎么做呢？目前在用sybyl ，autodock这两个软件，不太会用 请教一下。谢谢各位！
另外导师说这几个酶里的小分子配体都与其形成了共价键 有什么办法把他删掉呢 ？ 具体怎么操作呢？

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-7 at 14:15 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-07 13:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb
赞一下 回复此楼
9楼2013-04-08 22:23:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
下载安装个pymol软件，选中小分子删除即可。。。。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-07 16:46:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在mgltools中，展开大分子的氨基酸序列，找到非氨基酸系列的标号，选中，然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-07 16:55:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
更简单的方法是，用word打开，看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-07 18:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 13/650 2026-03-02 07:27 by 好好好1233
[考研] 279求调剂 +3 dua1 2026-03-01 4/200 2026-03-02 00:23 by 大脸蛋子
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 材料化工调剂 +12 今夏不夏 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:32 by L135790
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:31 by L135790
[考研] 0856材料与化工，270求调剂 +6 YXCT 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:21 by 向上的胖东
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 8/400 2026-03-01 22:50 by jian_
[基金申请] 成果系统访问量大，请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦，已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[考研] 材料类求调剂 +10 wana_kiko 2026-02-28 12/600 2026-03-01 22:10 by 海嵙Y
[考研] 290求调剂 +9 材料专硕调剂； 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:21 by sunny81
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[论文投稿] 求助coordination chemistry reviews 的写作模板 10+3 ljplijiapeng 2026-02-27 4/200 2026-03-01 09:07 by babero
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧？ +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭