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银虫 (小有名气)

[求助] 请教有关转录组测序的问题

各位大侠好,我最近用illumina测试了两个转录组,拼接以后得到很多序列,经过注释之后发现有很多基因和NCBI上一个已知基因(同一物种的)能够注释上,于是我将那个已知基因与我拼接的基因一个个做比较,有几个基因有一百左右完全匹配,有几个基因相似度很低,请教一下这种情况我该怎么处理呢,是认为拼接错误呢还是该怎么办呢?设计引物用PCR一个个检测?这样的情况不止这一个基因,还有很多个基因也是这种情况,请大家不吝指教,谢谢!
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