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duyang1217

铁虫 (小有名气)

[交流] 转录组测序正常分析会得到大量的差异基因的进一步分析 已有8人参与

转录组测序正常分析会得到大量的差异基因,之后大家都不知道如何进行下面的试验,不知所从,我现在在此基础上继续阅读大量文献分析得到更少的候选基因,有没有意义?能发文章吗?大家有什么看法,可以发表下意见。
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by duyang1217 at 2015-03-31 21:07:04
是啊,这也是我头疼的问题。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差异基因,KEGG和GO分析,讨论的也较片面;所以我想分析的更充分些,将差异基因所小范围找出更有依据的关键基因,但是我写好后投出去,编辑直接说我 ...

你要先问问自己当初为什么做这个分析。是因为方法学比较时髦、大家都在做?还是自己想解决某个具体问题,需要做这一分析。如果是前者,大概就会落到目前的状态:下一步该怎么做、甚至如何分析、利用所得到的结果都不知道怎么做了。

任何两种条件下都会有许多差异表达的基因,这是毫无疑问的。所以单纯找出一大把的差异基因不能说没有意义,而只能说是这是问题的开始而不是结束。所以单凭这些结果不能说发不了文章,但肯定发不了好的文章,因为这只是故事的开始。

你可以通过各种分析、统计手段表面这些差异基因是真的差异。但必需有个validation的过程,当然显然不需要所有的都去验证,但至少有验证若干有代表性的基因,而且尽可能在mRNA和蛋白水平上进行验证。具体选择哪些基因,则取决于你开始做这个分析的初衷,或者说你要解决的主要问题。当然验证完毕后还需要后续各种工作的继续和深入,如差异基因的表达调控、生物学功能的检测和相关机制、siganling pathway的分析等等,才算得上一篇完整的论文。
5楼2015-04-01 10:22:46
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活


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原则上是有的,但是你怎么说服别人,你选的候选基因更可靠?
3楼2015-03-30 15:18:41
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普通回帖

smile迷城

新虫 (小有名气)


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做DGE有固定的论文模式,不过现在发也不好发了

[ 发自小木虫客户端 ]
多多关照
2楼2015-03-30 12:12:13
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duyang1217

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by marineman at 2015-03-30 15:18:41
原则上是有的,但是你怎么说服别人,你选的候选基因更可靠?

是啊,这也是我头疼的问题。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差异基因,KEGG和GO分析,讨论的也较片面;所以我想分析的更充分些,将差异基因所小范围找出更有依据的关键基因,但是我写好后投出去,编辑直接说我的文章描述性内容太多,是对前期工作的总结。没有关键性的进展;目前我还没有很好的思路。请大侠给些建议,谢谢。
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4楼2015-04-01 10:07:04
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duyang1217

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2015-04-01 10:22:46
你要先问问自己当初为什么做这个分析。是因为方法学比较时髦、大家都在做?还是自己想解决某个具体问题,需要做这一分析。如果是前者,大概就会落到目前的状态:下一步该怎么做、甚至如何分析、利用所得到的结果都 ...

非常感谢。我准备对我选出的基因进行验证后,把这些验证结果加到文章中去,调整一下讨论,再投。谢谢。
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6楼2015-04-01 11:10:30
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a2genomics

捐助贵宾 (初入文坛)



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引用回帖:
6楼: Originally posted by duyang1217 at 2015-04-01 11:10:30
非常感谢。我准备对我选出的基因进行验证后,把这些验证结果加到文章中去,调整一下讨论,再投。谢谢。...

能做很多图,可以看这个demo: http://a2genomics.com/
7楼2015-04-04 08:08:10
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陈小喵

新虫 (小有名气)


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引用回帖:
4楼: Originally posted by duyang1217 at 2015-04-01 10:07:04
是啊,这也是我头疼的问题。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差异基因,KEGG和GO分析,讨论的也较片面;所以我想分析的更充分些,将差异基因所小范围找出更有依据的关键基因,但是我写好后投出去,编辑直接说我 ...

我也做的这些,你投的是什么杂志啊?请问你测序有重复吗?
8楼2015-06-03 10:12:14
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great07225388

新虫 (著名写手)


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8楼: Originally posted by 陈小喵 at 2015-06-03 10:12:14
我也做的这些,你投的是什么杂志啊?请问你测序有重复吗?...

你有没有对这些差异表达的基因进行验证,有没有做qPCR?做转录组之前的意义有没有明确?有没有对照?

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2015-06-18 19:34:47
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陈小喵

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by great07225388 at 2015-06-18 19:34:47
你有没有对这些差异表达的基因进行验证,有没有做qPCR?做转录组之前的意义有没有明确?有没有对照?
...

有对照,有qPCR验证

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2015-06-18 21:20:32
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