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duyang1217

铁虫 (小有名气)

[交流] 转录组测序正常分析会得到大量的差异基因的进一步分析 已有8人参与

转录组测序正常分析会得到大量的差异基因，之后大家都不知道如何进行下面的试验，不知所从，我现在在此基础上继续阅读大量文献分析得到更少的候选基因，有没有意义？能发文章吗？大家有什么看法，可以发表下意见。
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用心 耐心 细心的做科研
1楼 2015-03-30 11:18:45
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duyang1217

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by marineman at 2015-03-30 15:18:41
原则上是有的，但是你怎么说服别人，你选的候选基因更可靠？

是啊，这也是我头疼的问题。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差异基因，KEGG和GO分析，讨论的也较片面；所以我想分析的更充分些，将差异基因所小范围找出更有依据的关键基因，但是我写好后投出去，编辑直接说我的文章描述性内容太多，是对前期工作的总结。没有关键性的进展；目前我还没有很好的思路。请大侠给些建议，谢谢。
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用心 耐心 细心的做科研
4楼2015-04-01 10:07:04
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smile迷城

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
做DGE有固定的论文模式，不过现在发也不好发了

[ 发自小木虫客户端 ]
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多多关照
2楼2015-03-30 12:12:13
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
原则上是有的，但是你怎么说服别人，你选的候选基因更可靠？
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3楼2015-03-30 15:18:41
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by duyang1217 at 2015-03-31 21:07:04
是啊，这也是我头疼的问题。但是我看RNA-seq的文章都是得到大量的差异基因，KEGG和GO分析，讨论的也较片面；所以我想分析的更充分些，将差异基因所小范围找出更有依据的关键基因，但是我写好后投出去，编辑直接说我 ...

你要先问问自己当初为什么做这个分析。是因为方法学比较时髦、大家都在做？还是自己想解决某个具体问题，需要做这一分析。如果是前者，大概就会落到目前的状态：下一步该怎么做、甚至如何分析、利用所得到的结果都不知道怎么做了。

任何两种条件下都会有许多差异表达的基因，这是毫无疑问的。所以单纯找出一大把的差异基因不能说没有意义，而只能说是这是问题的开始而不是结束。所以单凭这些结果不能说发不了文章，但肯定发不了好的文章，因为这只是故事的开始。

你可以通过各种分析、统计手段表面这些差异基因是真的差异。但必需有个validation的过程，当然显然不需要所有的都去验证，但至少有验证若干有代表性的基因，而且尽可能在mRNA和蛋白水平上进行验证。具体选择哪些基因，则取决于你开始做这个分析的初衷，或者说你要解决的主要问题。当然验证完毕后还需要后续各种工作的继续和深入，如差异基因的表达调控、生物学功能的检测和相关机制、siganling pathway的分析等等，才算得上一篇完整的论文。
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5楼2015-04-01 10:22:46
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