24小时热门版块排行榜    

查看: 782  |  回复: 4

gaojuan1985

新虫 (正式写手)

[求助] 关于细菌基因文库的建立及酶的筛选,新手,请各位指教!

大家好!
我手头有一个细菌,是从土壤中筛选出来的,能分泌我所需要的酶。该细菌我进行了16S rDNA测序,发现目前还没有它的全基因组序列。但是我想得到我的酶的基因信息,因此想通过基因文库的方法。但是本人新手,看了一些资料,有很多问题不明,特此请教:
    1:基因组DNA的处理:有的用Sau 3AI进行部分酶切,有的用物理方法进行断裂,还有其它限制性内切酶处理等。我根据经验推测我的目的基因ORF大概在2 kb左右,因此,我该把基因组DNA切到多大比较合适?各位可否给个protocol?切多久?酶量?等等
2:载体的选择:目前手头只有质粒,所以想先尝试一下质粒,fosmid和cosmid往后排,呵呵。那么质粒该选用哪种?我看有用pUC18的,也有用pET系列的。各有何优缺点呢?
3:重组克隆的计数:弱弱地问一下,1万个克隆的话,怎么计算出来的?难道一个一个数出来的?还有,怎么保存这些重组克隆呢?
问题较多,请多赐教。金币有限,但是与大家交流沟通的心无限,呵呵,谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gaojuan1985: 金币+2, 有帮助 2013-03-01 13:27:19
提供一个新思路,供参考
如果你能够比较方便的纯化到你感兴趣的酶,那么可以进行其N端和C端测序(蛋白测序),然后根据氨基酸编码的兼并性,可以设计兼并引物,直接从基因组中扩增出该基因,不需要构建文库。
2楼2013-02-26 22:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaojuan1985

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 酶切专家 at 2013-02-26 22:06:42
提供一个新思路,供参考
如果你能够比较方便的纯化到你感兴趣的酶,那么可以进行其N端和C端测序(蛋白测序),然后根据氨基酸编码的兼并性,可以设计兼并引物,直接从基因组中扩增出该基因,不需要构建文库。

感谢回复!
我也想过这一方案,是打算两种方法一起尝试的。因为蛋白纯化也有不确定性,而且我推测我感兴趣的应该是几个蛋白,而不是单独的一个蛋白,所以纯化起来也有难度。但是还是希望您从基因文库的方面给予指导,谢谢!
3楼2013-02-27 11:11:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jemir

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gaojuan1985: 金币+2, 有帮助 2013-03-01 13:27:30
你不是要辞职吗,怎么还做实验,顺便回答下你问题,克隆数的确定,可以适当稀释后在平板上培养,数平板上的的菌落数再乘以稀释倍数,保存的话,一般用含25%甘油的培养基保存就行了
4楼2013-03-01 00:09:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaojuan1985

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jemir at 2013-03-01 00:09:33
你不是要辞职吗,怎么还做实验,顺便回答下你问题,克隆数的确定,可以适当稀释后在平板上培养,数平板上的的菌落数再乘以稀释倍数,保存的话,一般用含25%甘油的培养基保存就行了

好的谢谢。
辞职是辞职,以后总得工作啊。这是在规划接下来要做的课题。
5楼2013-03-01 13:27:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gaojuan1985 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求材料调剂 +8 隔壁陈先生 2026-03-12 8/400 2026-03-18 22:19 by li123456789.
[考研] 344求调剂 +6 knight344 2026-03-16 7/350 2026-03-18 20:13 by walc
[考研] 0703化学调剂 +7 妮妮ninicgb 2026-03-15 11/550 2026-03-18 19:48 by macy2011
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +8 Ncdx123456 2026-03-13 9/450 2026-03-18 14:40 by haxia
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +6 慕寒mio 2026-03-16 6/300 2026-03-18 14:26 by 007_lilei
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 280求调剂 +6 咕噜晓晓 2026-03-18 7/350 2026-03-18 11:25 by 无际的草原
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 材料与化工求调剂 +6 为学666 2026-03-16 6/300 2026-03-17 20:15 by peike
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +6 孔志浩 2026-03-12 11/550 2026-03-17 14:41 by 周舟舟77
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
请填处理意见