24小时热门版块排行榜    

查看: 1053  |  回复: 4

gaojuan1985

新虫 (正式写手)

[求助] 关于细菌基因文库的建立及酶的筛选,新手,请各位指教!

大家好!
我手头有一个细菌,是从土壤中筛选出来的,能分泌我所需要的酶。该细菌我进行了16S rDNA测序,发现目前还没有它的全基因组序列。但是我想得到我的酶的基因信息,因此想通过基因文库的方法。但是本人新手,看了一些资料,有很多问题不明,特此请教:
    1:基因组DNA的处理:有的用Sau 3AI进行部分酶切,有的用物理方法进行断裂,还有其它限制性内切酶处理等。我根据经验推测我的目的基因ORF大概在2 kb左右,因此,我该把基因组DNA切到多大比较合适?各位可否给个protocol?切多久?酶量?等等
2:载体的选择:目前手头只有质粒,所以想先尝试一下质粒,fosmid和cosmid往后排,呵呵。那么质粒该选用哪种?我看有用pUC18的,也有用pET系列的。各有何优缺点呢?
3:重组克隆的计数:弱弱地问一下,1万个克隆的话,怎么计算出来的?难道一个一个数出来的?还有,怎么保存这些重组克隆呢?
问题较多,请多赐教。金币有限,但是与大家交流沟通的心无限,呵呵,谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gaojuan1985: 金币+2, 有帮助 2013-03-01 13:27:19
提供一个新思路,供参考
如果你能够比较方便的纯化到你感兴趣的酶,那么可以进行其N端和C端测序(蛋白测序),然后根据氨基酸编码的兼并性,可以设计兼并引物,直接从基因组中扩增出该基因,不需要构建文库。
2楼2013-02-26 22:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaojuan1985

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 酶切专家 at 2013-02-26 22:06:42
提供一个新思路,供参考
如果你能够比较方便的纯化到你感兴趣的酶,那么可以进行其N端和C端测序(蛋白测序),然后根据氨基酸编码的兼并性,可以设计兼并引物,直接从基因组中扩增出该基因,不需要构建文库。

感谢回复!
我也想过这一方案,是打算两种方法一起尝试的。因为蛋白纯化也有不确定性,而且我推测我感兴趣的应该是几个蛋白,而不是单独的一个蛋白,所以纯化起来也有难度。但是还是希望您从基因文库的方面给予指导,谢谢!
3楼2013-02-27 11:11:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jemir

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gaojuan1985: 金币+2, 有帮助 2013-03-01 13:27:30
你不是要辞职吗,怎么还做实验,顺便回答下你问题,克隆数的确定,可以适当稀释后在平板上培养,数平板上的的菌落数再乘以稀释倍数,保存的话,一般用含25%甘油的培养基保存就行了
4楼2013-03-01 00:09:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaojuan1985

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jemir at 2013-03-01 00:09:33
你不是要辞职吗,怎么还做实验,顺便回答下你问题,克隆数的确定,可以适当稀释后在平板上培养,数平板上的的菌落数再乘以稀释倍数,保存的话,一般用含25%甘油的培养基保存就行了

好的谢谢。
辞职是辞职,以后总得工作啊。这是在规划接下来要做的课题。
5楼2013-03-01 13:27:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gaojuan1985 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我面上完蛋了 +10 且听虎啸 2026-08-20 11/550 2026-08-25 07:12 by echo8914667
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 8/400 2026-08-25 05:12 by BZKMTicpDhFj
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-25 01:47 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见