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gaojuan1985

新虫 (正式写手)

[求助] 关于细菌基因文库的建立及酶的筛选,新手,请各位指教!

大家好!
我手头有一个细菌,是从土壤中筛选出来的,能分泌我所需要的酶。该细菌我进行了16S rDNA测序,发现目前还没有它的全基因组序列。但是我想得到我的酶的基因信息,因此想通过基因文库的方法。但是本人新手,看了一些资料,有很多问题不明,特此请教:
    1:基因组DNA的处理:有的用Sau 3AI进行部分酶切,有的用物理方法进行断裂,还有其它限制性内切酶处理等。我根据经验推测我的目的基因ORF大概在2 kb左右,因此,我该把基因组DNA切到多大比较合适?各位可否给个protocol?切多久?酶量?等等
2:载体的选择:目前手头只有质粒,所以想先尝试一下质粒,fosmid和cosmid往后排,呵呵。那么质粒该选用哪种?我看有用pUC18的,也有用pET系列的。各有何优缺点呢?
3:重组克隆的计数:弱弱地问一下,1万个克隆的话,怎么计算出来的?难道一个一个数出来的?还有,怎么保存这些重组克隆呢?
问题较多,请多赐教。金币有限,但是与大家交流沟通的心无限,呵呵,谢谢啦
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酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gaojuan1985: 金币+2, 有帮助 2013-03-01 13:27:19
提供一个新思路,供参考
如果你能够比较方便的纯化到你感兴趣的酶,那么可以进行其N端和C端测序(蛋白测序),然后根据氨基酸编码的兼并性,可以设计兼并引物,直接从基因组中扩增出该基因,不需要构建文库。
2楼2013-02-26 22:06:42
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gaojuan1985

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 酶切专家 at 2013-02-26 22:06:42
提供一个新思路,供参考
如果你能够比较方便的纯化到你感兴趣的酶,那么可以进行其N端和C端测序(蛋白测序),然后根据氨基酸编码的兼并性,可以设计兼并引物,直接从基因组中扩增出该基因,不需要构建文库。

感谢回复!
我也想过这一方案,是打算两种方法一起尝试的。因为蛋白纯化也有不确定性,而且我推测我感兴趣的应该是几个蛋白,而不是单独的一个蛋白,所以纯化起来也有难度。但是还是希望您从基因文库的方面给予指导,谢谢!
3楼2013-02-27 11:11:45
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jemir

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gaojuan1985: 金币+2, 有帮助 2013-03-01 13:27:30
你不是要辞职吗,怎么还做实验,顺便回答下你问题,克隆数的确定,可以适当稀释后在平板上培养,数平板上的的菌落数再乘以稀释倍数,保存的话,一般用含25%甘油的培养基保存就行了
4楼2013-03-01 00:09:33
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gaojuan1985

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jemir at 2013-03-01 00:09:33
你不是要辞职吗,怎么还做实验,顺便回答下你问题,克隆数的确定,可以适当稀释后在平板上培养,数平板上的的菌落数再乘以稀释倍数,保存的话,一般用含25%甘油的培养基保存就行了

好的谢谢。
辞职是辞职,以后总得工作啊。这是在规划接下来要做的课题。
5楼2013-03-01 13:27:03
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