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化学化工系

银虫 (初入文坛)

[求助] 求助NAMD相关问题

本人新手，想请教有关NAMD中拓扑文件和力场是如何根据体系选择的，比如蛋白和有机小分子的复合体系应该选择哪种拓扑文件和力场等等。如有相关文件附上不胜感激。
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1楼 2013-02-26 09:21:06
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
化学化工系: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-03-03 14:14:57
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-03 18:53:31
拓扑文件是自己写的，NAMD的网站里面有一个关于怎样写拓扑文件的教程
力场文件的话。。一般用得比较多的就是CHARMM了（也支持AMBER和MARTINI，但是MARTINI似乎并不愿意支持NAMD）
CHARMM力场在这里下载：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html
其中na是核酸的力场
cgenff是有机小分子普适力场
carb是糖类的力场
ether是醚的力场
prot是蛋白质力场
lipid是脂类的力场
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2楼2013-02-27 12:11:06
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化学化工系

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-02-27 12:11:06
拓扑文件是自己写的，NAMD的网站里面有一个关于怎样写拓扑文件的教程
力场文件的话。。一般用得比较多的就是CHARMM了（也支持AMBER和MARTINI，但是MARTINI似乎并不愿意支持NAMD）
CHARMM力场在这里下载：
http:/ ...

有机二聚体蛋白和有机小分子的复合物中少了几个残疾，跑MD之前应该怎么处理？
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3楼2013-03-03 14:14:35
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