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求助NAMD相关问题
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| 本人新手，想请教有关NAMD中拓扑文件和力场是如何根据体系选择的，比如蛋白和有机小分子的复合体系应该选择哪种拓扑文件和力场等等。如有相关文件附上不胜感激。 |
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fhh2626
木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
化学化工系: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-03-03 14:14:57
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-03 18:53:31
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拓扑文件是自己写的，NAMD的网站里面有一个关于怎样写拓扑文件的教程 力场文件的话。。一般用得比较多的就是CHARMM了（也支持AMBER和MARTINI，但是MARTINI似乎并不愿意支持NAMD） CHARMM力场在这里下载： http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 其中na是核酸的力场 cgenff是有机小分子普适力场 carb是糖类的力场 ether是醚的力场 prot是蛋白质力场 lipid是脂类的力场 |
2楼2013-02-27 12:11:06
3楼2013-03-03 14:14:35