24小时热门版块排行榜    

查看: 649  |  回复: 2

化学化工系

银虫 (初入文坛)

[求助] 求助NAMD相关问题

本人新手,想请教有关NAMD中拓扑文件和力场是如何根据体系选择的,比如蛋白和有机小分子的复合体系应该选择哪种拓扑文件和力场等等。如有相关文件附上不胜感激。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
化学化工系: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-03-03 14:14:57
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-03 18:53:31
拓扑文件是自己写的,NAMD的网站里面有一个关于怎样写拓扑文件的教程
力场文件的话。。一般用得比较多的就是CHARMM了(也支持AMBER和MARTINI,但是MARTINI似乎并不愿意支持NAMD)
CHARMM力场在这里下载:
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html
其中na是核酸的力场
cgenff是有机小分子普适力场
carb是糖类的力场
ether是醚的力场
prot是蛋白质力场
lipid是脂类的力场
2楼2013-02-27 12:11:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

化学化工系

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-02-27 12:11:06
拓扑文件是自己写的,NAMD的网站里面有一个关于怎样写拓扑文件的教程
力场文件的话。。一般用得比较多的就是CHARMM了(也支持AMBER和MARTINI,但是MARTINI似乎并不愿意支持NAMD)
CHARMM力场在这里下载:
http:/ ...

有机二聚体蛋白和有机小分子的复合物中少了几个残疾,跑MD之前应该怎么处理?
3楼2013-03-03 14:14:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 化学化工系 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 4/200 2026-11-02 03:50 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-02 03:39 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-02 03:37 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 9/450 2026-11-02 03:26 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 7/350 2026-11-02 03:18 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 11/550 2026-11-02 03:13 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:58 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:47 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:34 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 22:11 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 22:11 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 14:48 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 +9 zuesli 2026-10-27 15/750 2026-11-01 12:59 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 12:40 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 17/850 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 12:14 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 11:14 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 4/200 2026-11-01 11:01 by BCdvBAEpt3zm
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 26/1300 2026-11-01 10:22 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 申博自荐 2篇一区TOP+1篇EI+2公开发明专利 2027博士申请 +3 小小阿光 2026-10-27 3/150 2026-10-29 23:56 by 起风了的快乐
信息提示
请填处理意见