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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】namd计算键能
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binkwei

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】namd计算键能 已有2人参与

通过NAMD计算单个分子（不是蛋白质，只是简单的有机小分子）的键能等参数，如何实现？
MS中的模型可以被NAMD调用么？
谢谢！
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1楼 2010-05-20 22:58:15
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
binkwei(金币+10): 2010-05-21 09:06:32
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-21 09:26:06
不知道你算键能还是键参数
前者namd 不能算, 这个量没有严格的意义
后者可以用Gaussian+paratool 或 Spartan 得到
参考 http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html

MS中的模型可以被NAMD调用么？
=======
可以, 但异常复杂
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2楼2010-05-21 08:42:31
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binkwei

银虫 (初入文坛)


[ Last edited by binkwei on 2010-5-24 at 10:49 ]
3楼2010-05-21 09:03:28
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binkwei

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-05-21 08:42:31:
不知道你算键能还是键参数
前者namd 不能算, 这个量没有严格的意义
后者可以用Gaussian+paratool 或 Spartan 得到
参考 http://www.mdbbs.org/thread-16875-1-1.html

MS中的模型可以被NAMD调用么 ...

我能直接通过NAMD得到键常数k？
我刚刚开始接触关于分子模拟的东西，请您指点，谢谢！
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4楼2010-05-24 10:49:02
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