24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

应助: 277 (大学生)
金币: 15912.3
散金: 451
红花: 78
沙发: 433
帖子: 21986
在线: 2078.9小时
虫号: 2029722
注册: 2012-09-25
专业: 原子和分子物理

[求助] 求助设计引物时酶切位点保护碱基的问题

限制性内切酶酶切位点保护碱基不全时如何确定切割率？例如Kpn I 酶切位点是GGTACC 前面加完保护碱基G,后面加完保护碱基C的“GGGTACCC” 它的2h和20h的切割率都是0，别人给我设计的引物只加了前面保护碱基G,后面没有加C，是 GGGGTACC，那切割率是多少呢？会不会根本切不开啊？

111111111111111.JPG

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求助设计引物加两个酶切位点已经有10人回复
求助带酶切位点的引物设计已经有5人回复
设计引物注意事项？已经有6人回复
有关引物设计时加酶切位点已经有8人回复
简并引物需要加保护碱基吗已经有7人回复
问问pet-28a克隆构建引物的问题已经有12人回复
引物加保护碱基已经有7人回复
求助内切酶的问题已经有8人回复
关于PCR引物设计及添加酶切位点和保护碱基的问题已经有4人回复
设计的引物错了一个碱基对后续试验影响大吗？已经有6人回复
计算引物退火温度时末端加的酶切位点计算在内吗？已经有5人回复
设计引物时酶切位点保护碱基的问题已经有8人回复
【求助/交流】设计引物引入酶切位点，如何保证没有发生阅读框移码？已经有10人回复
【求助/交流】关于引物已经有20人回复
【专题】引入酶切位点的引物设计问题已经有11人回复
【求助/交流】关于PCR的问题已经有18人回复

1楼 2013-02-20 14:21:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)

MolEPI: 6
应助: 66 (初中生)
金币: 10214.2
散金: 658
红花: 5
帖子: 805
在线: 167.6小时
虫号: 736362
注册: 2009-03-31
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

保护碱基的一个非常重要的作用是在限制性内切酶结合靶DNA时起支架作用，酶都有自己特有的识别位点以及切割位点，而所谓的酶切位点只是切割位点；为了便于酶与靶DNA的结合，在切割位点周围必须有一定长度的DNA序列供酶结合。所以对于环形DNA（如环形质粒）来说，切割效率都是十分高的，因为切割位点两边的序列长度很长。而对于设计PCR引物来说则不然，PCR之后5‘端是末端，所以设计引物时必须要加保护碱基，而且理论上是越长越利于后面的酶切（前提是不影响PCR）。所以引物的3’端是不需要加保护碱基的，因为PCR会延伸。另外，这种表每个生产限制性内切酶的公司可能不太一样，用哪个公司的酶最好参考那个公司的标准，基本上只要长度达到了就没问题。从你上面那个表来看，这个酶是很好切的，但是至少得在5‘端加两个保护碱基，加一个估计会切不开（说效率低都是比较保守了）。