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下雨的傍晚

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[求助] 为何CTAB法提取的DNA总是断裂？已有1人参与

最近一直提取的植物总DNA总是断裂，使用的是自己配制的溶液，用改良的CTAB法，提取过程已经很小心了，没有剧烈震荡，可是总是提到断裂的DNA 是什么原因呢？下图是我提的DNA 跑的0.8%琼脂糖凝胶电泳！急希望各位虫虫帮忙解答！

IMG_20121123_103631.jpg

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haha

1楼 2012-11-24 17:12:10

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shuishui007

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【答案】应助回帖

不是DNA断裂，是RNA没消化。上面的一条带是DNA，下面2-3条带是RNA，RNase消化一下就没有了。另外DNA沉淀后用4000-6000rpm离心就可以了。

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下雨的傍晚

3楼2012-11-24 20:52:44

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shuishui007

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【答案】应助回帖

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??是ＤＮＡ断裂，是????大，ＲＮＡ没消化，太多了。上???是ＤＮＡ，下???分??????的2-3???带是ＲＮＡ，用ＲＮase消化一下就??会有了。???外，ＤＮＡ沉淀???，4000-6000rpm离心??????。

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2楼2012-11-24 20:48:19

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3楼: Originally posted by shuishui007 at 2012-11-24 20:52:44
不是DNA断裂，是RNA没消化。上面的一条带是DNA，下面2-3条带是RNA，RNase消化一下就没有了。另外DNA沉淀后用4000-6000rpm离心就可以了。

谢谢，那我加RNA酶是一下！

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haha

4楼2012-11-25 14:12:31

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jl860822

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

我感觉也有可能是你的组织有降解，因为你这个下面条带太亮了

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5楼2012-11-26 08:59:14

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5楼: Originally posted by jl860822 at 2012-11-26 08:59:14
我感觉也有可能是你的组织有降解，因为你这个下面条带太亮了

请问溶菌酶加多了会造成DNA断裂吗？我是提取革兰氏阳性菌，但是也跟楼主一样，最上面的条带暗，下面有两条很亮的条带。

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nothing isimpossible

6楼2012-11-26 09:23:41

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5楼: Originally posted by jl860822 at 2012-11-26 08:59:14
我感觉也有可能是你的组织有降解，因为你这个下面条带太亮了

那怎么防止降解呢？我提了8,9次都差不多是这样的，我该怎么继续下去呢？

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7楼2012-11-26 17:42:39

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weigh1111

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-11-28 13:37:19

楼主没见你带marker啊~好歹带个marker看看大概都是多大的片段啊~是不是你沉淀不够彻底哦，感觉大片段量挺少的~你加乙醇沉淀的时候有看到絮状沉淀么？
你提基因组DNA，不断裂是不可能的~不然你说几兆的片段跑出来是什么样子…只能说是断到某个程度比如几十K上百K而已。如果你觉得你的东西断得太厉害了，那有可能是你酚抽振摇的时候太厉害了，或者是SDS处理的时候弄太久了等等原因。一般溶菌酶那一步不大会有问题。

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8楼2012-11-26 21:29:41

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8楼: Originally posted by weigh1111 at 2012-11-26 21:29:41
楼主没见你带marker啊~好歹带个marker看看大概都是多大的片段啊~是不是你沉淀不够彻底哦，感觉大片段量挺少的~你加乙醇沉淀的时候有看到絮状沉淀么？
你提基因组DNA，不断裂是不可能的~不然你说几兆的片段跑出来是 ...

由于当时没有MARKER了，加乙醇的时候能见到絮状沉淀，可是提了两周左右一直都是这样啊！使用CTAB提的枇杷叶DNA，因为后续要做甲基化所以要纯的，但是一会提不好啊！所以帮忙看看啊!

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9楼2012-11-26 22:02:57

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jl860822

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7楼: Originally posted by 下雨的傍晚 at 2012-11-26 17:42:39
那怎么防止降解呢？我提了8,9次都差不多是这样的，我该怎么继续下去呢？...

你的组织怎么保存的？-80比较好点

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10楼2012-11-26 22:33:58

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