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小猫三两只

金虫 (正式写手)

[交流] 克隆未知基因 已有2人参与

我想克隆某种植物中的两个基因家族的一些基因，然后研究这两个基因家族中的基因的互作关系，但现在在该植物中没有任何这两个家族的相关信息，只知道模式植物如拟南芥，水稻中这个基因家族中的基因的序列（或EST），有什么办法能在这种植物中得到这个基因家族中的基因吗？
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1楼 2012-10-09 19:44:04
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)
★
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可以设计兼并引物做RACE扩增
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jiayoubashaonian
2楼2012-10-09 21:30:35
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chenguestc

木虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验 2012-10-10 19:18:33
首先需要确定你的物种与水稻亲缘关系远近，如果是小麦族物种，或许可以。但是不绝对，只能设计引物来试，因为再GENOME ZIPPER里也发现有些基因只在部分物种中存在（例如，只存在于水稻，而不存在于大麦和高粱和短柄草），不与其他物种有共线性。
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3楼2012-10-10 10:48:11
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by blackrose8089 at 2012-10-09 21:30:35
可以设计兼并引物做RACE扩增

但是目前知道的这两个基因家族中的基因只在拟南芥和水稻中有报道，而且有每个基因家族中有很多基因，它们的同源性也不是很高，用同源克隆应该不太现实吧。我现在就是想得到我做的这种植物里的这两个基因家族中的一些基因，然后研究这两个基因家族中基因的互作关系。
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4楼2012-10-10 19:53:49
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-10 10:48:11
首先需要确定你的物种与水稻亲缘关系远近，如果是小麦族物种，或许可以。但是不绝对，只能设计引物来试，因为再GENOME ZIPPER里也发现有些基因只在部分物种中存在（例如，只存在于水稻，而不存在于大麦和高粱和短柄 ...

我做的植物是一种盐生植物，跟禾本科植物的同源性较低，我的目的是想得到这两个基因家族中的一些基因，然后研究这两个基因家族中基因的互作关系，但每个家族中的基因在拟南芥和水稻中的同源性也不高，所以也不能用兼并引物来扩增
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5楼2012-10-10 19:57:32
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chenguestc

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小猫三两只 at 2012-10-10 19:57:32
我做的植物是一种盐生植物，跟禾本科植物的同源性较低，我的目的是想得到这两个基因家族中的一些基因，然后研究这两个基因家族中基因的互作关系，但每个家族中的基因在拟南芥和水稻中的同源性也不高，所以也不能用 ...

可以用拟南芥和水稻报道的基因设计引物来试，别无他法，据我所知，有人利用拟南芥设计引物在滨藜中克隆出过同源类似基因。
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6楼2012-10-11 08:43:34
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-11 08:43:34
可以用拟南芥和水稻报道的基因设计引物来试，别无他法，据我所知，有人利用拟南芥设计引物在滨藜中克隆出过同源类似基因。...

谢谢，那我可以先按这种方法试一下
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7楼2012-10-11 20:11:51
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