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简并引物克隆中的一些问题
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我设计了一对兼并引物，想从未知基因组中克隆出一个酰胺酶基因片段。BLAST以后发现和大豆慢生根瘤菌的酰胺酶的序列有99%的相似性，而且我们实验室也在做这种大豆慢生根瘤菌的酰胺酶。起初怀疑是染菌了，又重新克隆了一次（很小心，避免染菌）可测序结果还是一样的。 所以我怀疑是我这种菌的基因组被污染了，请问基因组会这么容易被污染吗？而且自从我们实验室有了大豆慢生根瘤菌后，我这种菌的基因组再也没有用过，这是第一次用。请高人指点。 |
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7楼2012-07-25 11:01:15
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前辈：您好。之前在论坛上看到您给一些虫友在设计兼并引物方面提出了很多建议，请问您能否帮我设计一下（自己之前试着设计了一下，效果都不好），所以想请教高手。 我需要克隆一个酰胺酶，目前知道能催化我的底物的菌种的酰胺酶有两种（下述A,B），但导师让我做的菌种中有该酶的活性，但是这种菌的全基因组不知道，与A，B的同源性相差甚远。以下C,D,E,F,G••••••是我根据A为模版blast后的酰胺酶序列，从中挑选的与我手中的菌都属于同一纲的菌，同源性从高到低排列的，但和A的相似性很低。 下面我把这些菌的酰胺酶基因上传上去，能否花费您写时间帮我看看，因为之前设计了几次，效果不是很好。 >A: 1 mgiklptled lreiskqfnl dledeelksf lqllklqles yerldslpdy tprvkyqrtl 61 grppmkeenp ygalvwitsi kgkeegklkg kricikdnvm iagipmlngs kmlegfvphm 121 datvvsrild eageivaktt cedlcfsggs htsypwpvln prnpeymagg sssgsavava 181 sgycdmavgg dqggsirips swvgiyglkp thglvpytga fsieptldhl gpmantvkdv 241 allleviagr deldsrqpds lppppvkpys klidgdvkdm kvgivkegfn wsnsekdvde 301 lvldsakkle dygikvedts iplhrmgldi wtpiaiegat atmilgsgvg wgrkglfetq 361 iadffgnslk srardlpntv kgvlmlgylm ikmynnryya karnlsivlk eaydsalrky 421 dalimpttpm kamryksepg fdeyfimalg minntapfdv tghpamnipv gysnglpvgl 481 miigrhfeed kvlklanvfe rikk >B: 1 mtvvlptpaq lldvakqcgl sltdadvasf rglmqgsida ynlvgampde lpevkyprtp 61 gyrpspeenp rnawyrkstv kgaasgklkg ktvalkdnim 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