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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 简并引物克隆中的一些问题
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hraikeyan

金虫 (小有名气)

[求助] 简并引物克隆中的一些问题

我设计了一对兼并引物，想从未知基因组中克隆出一个酰胺酶基因片段。BLAST以后发现和大豆慢生根瘤菌的酰胺酶的序列有99%的相似性，而且我们实验室也在做这种大豆慢生根瘤菌的酰胺酶。起初怀疑是染菌了，又重新克隆了一次（很小心，避免染菌）可测序结果还是一样的。
所以我怀疑是我这种菌的基因组被污染了，请问基因组会这么容易被污染吗？而且自从我们实验室有了大豆慢生根瘤菌后，我这种菌的基因组再也没有用过，这是第一次用。请高人指点。
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nothing isimpossible
1楼 2012-07-12 12:13:38
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

未知基因组?酰胺酶基因片段?那你根据大豆的慢生根瘤菌全长基因设计引物PCR看下...或许你的未知基因组来自于慢生根瘤菌。
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5楼2012-07-15 18:19:35
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

相同species的菌有可能，此外不排除Horizontal gene transfer引起的不同species之间基因高度相似...祝实验顺利...
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7楼2012-07-25 11:01:15
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