24小时热门版块排行榜    

查看: 2289  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)

[求助] 简并引物克隆中的一些问题

我设计了一对兼并引物,想从未知基因组中克隆出一个酰胺酶基因片段。BLAST以后发现和大豆慢生根瘤菌的酰胺酶的序列有99%的相似性,而且我们实验室也在做这种大豆慢生根瘤菌的酰胺酶。起初怀疑是染菌了,又重新克隆了一次(很小心,避免染菌)可测序结果还是一样的。
所以我怀疑是我这种菌的基因组被污染了,请问基因组会这么容易被污染吗?而且自从我们实验室有了大豆慢生根瘤菌后,我这种菌的基因组再也没有用过,这是第一次用。请高人指点。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

nothing isimpossible
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

相同species的菌有可能,此外不排除Horizontal gene transfer引起的不同species之间基因高度相似...祝实验顺利...
7楼2012-07-25 11:01:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

360591345

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-12 13:59:04
99%的同源性不是已经很高了吗,怎么还会怀疑污染呢?用普通聚合酶做PCR的时候是有可能P错的,除非是高保真的酶才可能达到100%。
2楼2012-07-12 13:54:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 360591345 at 2012-07-12 13:54:41
99%的同源性不是已经很高了吗,怎么还会怀疑污染呢?用普通聚合酶做PCR的时候是有可能P错的,除非是高保真的酶才可能达到100%。

我的意思是:我做的是从另外一种菌种克隆酰胺酶。但我们实验室有其他同学从大豆慢生根瘤菌中克隆出了酰胺酶,现在我克隆出的酰胺酶和大都慢生根瘤菌中克隆出的酰胺酶相似性有99%。所以我怀疑我的基因组污染了大都慢生根瘤菌的基因组。
nothing isimpossible
3楼2012-07-15 10:57:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

moqiyilei

金虫 (小有名气)

应该是你提取RNA时的材料不干净,然后导致cDNA受到污染,同时兼并引物与菌的特异性最高,所以你就扩增得到了菌中的gene了。
4楼2012-07-15 13:15:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 6/300 2026-08-25 00:11 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
请填处理意见