| 查看: 1189 | 回复: 1 | ||
[求助]
纠结了很久的关于克隆文库的问题
|
|
大家好，我现在做了细菌的16s rDNA文库。 对于那个文库的覆盖率计算，一直都好纠结： 我举例说明哈，请教大家帮忙看看： 样品1，我挑了200个克隆子，然后200个克隆子经检验是阳性克隆子之后做酶切，根据酶切图谱的不同谱型，我把这两百个克隆子分成了85个otu，然后每个otu里面就挑了一个克隆子去测序，测得了85个序列。这85个序列经过NCBI去载体序列，去除嵌合体，最后剩下76个序列，也就是有9个嵌合体序列被去除了，那这9个嵌合体序列在之前的85个otu中包括的克隆子是不是也要一并去除呢？ 剩下的76个序列用软件进行了otu的划分，得到了新的测序序列的otu组合，那我是不是要把前面酶切分的这些测序序列的otu里面的克隆子根据软件划分的测序序列的otu重新组合呢？ 那覆盖率是按照测序序列划分的otu进行计算，以测序序列数目也就是76为基数，还是以重新整合后总的克隆子数，也就是200减去嵌合体及与嵌合体为同一个otu的克隆子数为基数呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
氢氧化钾活化操作
已经有19人回复
-
散金
已经有68人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有256人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
-
ALK5 高选择性小分子 LY-3200882：可放大合成路线与质控要点解析
已经有0人回复
-
AM630（CAS 164178-33-0）：CB2 选择性配体的实验使用与供应要点
已经有0人回复
-
ADC标杆分子T-DM1全解析：从结构设计到实验室应用的技术要点
已经有0人回复
-
HILIC磁珠研究蛋白组学怎么做？
已经有0人回复
-
His标签蛋白纯化怎么才能快？
已经有0人回复
-
WRN变构抑制剂HRO761：从D1/D2界面锁定到MSI合成致死的工具化合物深度解析
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于多克隆抗体和单克隆抗体的问题
已经有4人回复
- 克隆文库中的操作分类单元和Rarefaction analysis
已经有21人回复
- 问问pet-28a克隆构建引物的问题
已经有12人回复
- 基因克隆中酶切连接问题
已经有13人回复
- 分子克隆遇到了问题
已经有6人回复
- 关于链霉菌文库筛选的困惑 真的好纠结啊
已经有9人回复
- 分子克隆连接问题！
已经有12人回复
- TA克隆遇到的问题
已经有10人回复
- 关于多克隆抗体制备的有关问题
已经有4人回复
- 与16S克隆文库有关的问题
已经有3人回复
- 阳性克隆的鉴定问题
已经有6人回复
- 基因克隆问题~~
已经有5人回复
- 【求助/交流】关于分子克隆的技术问题，很纠结！
已经有7人回复
- 【求助/交流】有关克隆方面的问题
已经有4人回复
- 【求助/交流】淀粉酶吸附
已经有17人回复
- 【求助/交流】关于基因克隆写文章的问题
已经有9人回复
2楼2015-10-09 15:27:48
10