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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 纠结了很久的关于克隆文库的问题
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跋涉者米米

新虫 (初入文坛)

[求助] 纠结了很久的关于克隆文库的问题

大家好，我现在做了细菌的16s rDNA文库。
对于那个文库的覆盖率计算，一直都好纠结：
我举例说明哈，请教大家帮忙看看：
样品1，我挑了200个克隆子，然后200个克隆子经检验是阳性克隆子之后做酶切，根据酶切图谱的不同谱型，我把这两百个克隆子分成了85个otu，然后每个otu里面就挑了一个克隆子去测序，测得了85个序列。这85个序列经过NCBI去载体序列，去除嵌合体，最后剩下76个序列，也就是有9个嵌合体序列被去除了，那这9个嵌合体序列在之前的85个otu中包括的克隆子是不是也要一并去除呢？
剩下的76个序列用软件进行了otu的划分，得到了新的测序序列的otu组合，那我是不是要把前面酶切分的这些测序序列的otu里面的克隆子根据软件划分的测序序列的otu重新组合呢？
那覆盖率是按照测序序列划分的otu进行计算，以测序序列数目也就是76为基数，还是以重新整合后总的克隆子数，也就是200减去嵌合体及与嵌合体为同一个otu的克隆子数为基数呢？
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1楼 2012-06-20 14:59:47
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zhongzhen

铜虫 (初入文坛)
楼主，请问你是如何去载体序列，去除嵌合体，以及用软件进行了otu的划分的。跪求解答！
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2楼2015-10-09 15:27:48
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