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纠结了很久的关于克隆文库的问题
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大家好，我现在做了细菌的16s rDNA文库。 对于那个文库的覆盖率计算，一直都好纠结： 我举例说明哈，请教大家帮忙看看： 样品1，我挑了200个克隆子，然后200个克隆子经检验是阳性克隆子之后做酶切，根据酶切图谱的不同谱型，我把这两百个克隆子分成了85个otu，然后每个otu里面就挑了一个克隆子去测序，测得了85个序列。这85个序列经过NCBI去载体序列，去除嵌合体，最后剩下76个序列，也就是有9个嵌合体序列被去除了，那这9个嵌合体序列在之前的85个otu中包括的克隆子是不是也要一并去除呢？ 剩下的76个序列用软件进行了otu的划分，得到了新的测序序列的otu组合，那我是不是要把前面酶切分的这些测序序列的otu里面的克隆子根据软件划分的测序序列的otu重新组合呢？ 那覆盖率是按照测序序列划分的otu进行计算，以测序序列数目也就是76为基数，还是以重新整合后总的克隆子数，也就是200减去嵌合体及与嵌合体为同一个otu的克隆子数为基数呢？ |
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2楼2015-10-09 15:27:48