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光武故里

木虫 (小有名气)

[求助] 请大家帮我分析一下这张植物块根中提取的基因组DNA电泳图片

今天下午提了一种植物块根的基因组DNA，因为其富含多糖，使用的是改良的CTAB法，采取以下流程：首先在装有粉状样品的离心管中加入2×CTAB裂解液（内含3% PVP）600ul 以及100ul β-巯基乙醇，65℃水浴60min，然后用A【氯仿：异戊醇/24：1】以及B【酚：氯仿：异戊醇/25：24：1】交替抽提后离心，先后顺序依次为：A——A——B——A——B——A，接着离心取上清液，加入-20℃预冷的异丙醇，并放置-20℃冰箱，60min后取出离心，得沉淀（但是实际情况是离心后并无可见的沉淀），用70%的乙醇小心洗涤2次，后用无水乙醇洗涤一次，风干沉淀，加入100ul TE溶解。

其中离心参数为：4℃，12000rpm，10min

电泳检测如图所示：左边是MARKER，最大片段长5000bp，右边是提的DNA，明显感觉不对头啊，请各位帮忙分析找找原因，十分谢谢
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1楼 2012-05-21 18:37:09
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baiyongqin

新虫 (初入文坛)
DNA提取效果很好啊，只是RNA较多，可以用RNase消化即可。因为你的凝胶浓度很大，因此，每个片段之间的距离就相较1%的胶要小很多。建议您下次跑基因组DNA的时候用0.8%--1%之间的凝胶为好。而且你的材料是什么物种，它的基因组多大应该是知道的吧。
祝顺利！
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6楼2012-06-13 16:25:26
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光武故里

木虫 (小有名气)
补充：胶是2%的，100V，30min
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2楼2012-05-21 18:43:05
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kuaile-RJ

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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西瓜: 金币+3, 鼓励交流~欢迎常来~ 2012-05-22 08:31:51
光武故里: 金币+2, 非常感谢！ 2012-05-22 09:41:43
从你的电泳图看，提的效果还可以啊，最上面的一条带应该就是基因组DNA啊，下面的是RNA，而且没有较多多糖污染啊（稍微有一些），点样孔比较干净。不知道楼主测浓度了没有，可以考虑纯化，加RNA酶除去RNA，不过要看楼主提DNA干什么用了，呵呵！还有沉淀后离心一步应该是有沉淀的，可能是透明状的没观察到而已，而且沉淀多了也不好，大都是杂质，不知道楼主起始材料量是多大呢？
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3楼2012-05-22 00:04:35
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光武故里

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kuaile-RJ at 2012-05-22 00:04:35:
从你的电泳图看，提的效果还可以啊，最上面的一条带应该就是基因组DNA啊，下面的是RNA，而且没有较多多糖污染啊（稍微有一些），点样孔比较干净。不知道楼主测浓度了没有，可以考虑纯化，加RNA酶除去RNA，不过要看楼

RJ，非常感谢，我始终觉得最上面的DNA片段不够大（离MARKER5000bp的好近），是不是电压100v太高，没跑开的原因呢？
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4楼2012-05-22 09:46:07
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