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光武故里

木虫 (小有名气)

[求助] 请大家帮我分析一下这张植物块根中提取的基因组DNA电泳图片

今天下午提了一种植物块根的基因组DNA,因为其富含多糖,使用的是改良的CTAB法,采取以下流程:首先在装有粉状样品的离心管中加入2×CTAB裂解液(内含3% PVP)600ul 以及100ul β-巯基乙醇,65℃水浴60min,然后用A【氯仿:异戊醇/24:1】以及B【酚:氯仿:异戊醇/25:24:1】交替抽提后离心,先后顺序依次为:A——A——B——A——B——A,接着离心取上清液,加入-20℃预冷的异丙醇,并放置-20℃冰箱,60min后取出离心,得沉淀(但是实际情况是离心后并无可见的沉淀),用70%的乙醇小心洗涤2次,后用无水乙醇洗涤一次,风干沉淀,加入100ul TE溶解。

其中离心参数为:4℃,12000rpm,10min

电泳检测如图所示:左边是MARKER,最大片段长5000bp,右边是提的DNA,明显感觉不对头啊,请各位帮忙分析找找原因,十分谢谢
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baiyongqin

新虫 (初入文坛)

DNA提取效果很好啊,只是RNA较多,可以用RNase消化即可。因为你的凝胶浓度很大,因此,每个片段之间的距离就相较1%的胶要小很多。建议您下次跑基因组DNA的时候用0.8%--1%之间的凝胶为好。而且你的材料是什么物种,它的基因组多大应该是知道的吧。
祝顺利!
6楼2012-06-13 16:25:26
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光武故里

木虫 (小有名气)

补充:胶是2%的,100V,30min
2楼2012-05-21 18:43:05
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kuaile-RJ

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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西瓜: 金币+3, 鼓励交流~欢迎常来~ 2012-05-22 08:31:51
光武故里: 金币+2, 非常感谢! 2012-05-22 09:41:43
从你的电泳图看,提的效果还可以啊,最上面的一条带应该就是基因组DNA啊,下面的是RNA,而且没有较多多糖污染啊(稍微有一些),点样孔比较干净。不知道楼主测浓度了没有,可以考虑纯化,加RNA酶除去RNA,不过要看楼主提DNA干什么用了,呵呵!还有沉淀后离心一步应该是有沉淀的,可能是透明状的没观察到而已,而且沉淀多了也不好,大都是杂质,不知道楼主起始材料量是多大呢?
3楼2012-05-22 00:04:35
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光武故里

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by kuaile-RJ at 2012-05-22 00:04:35:
从你的电泳图看,提的效果还可以啊,最上面的一条带应该就是基因组DNA啊,下面的是RNA,而且没有较多多糖污染啊(稍微有一些),点样孔比较干净。不知道楼主测浓度了没有,可以考虑纯化,加RNA酶除去RNA,不过要看楼

RJ,非常感谢,我始终觉得最上面的DNA片段不够大(离MARKER5000bp的好近),是不是电压100v太高,没跑开的原因呢?
4楼2012-05-22 09:46:07
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