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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 土壤总细菌16S PCR-条带不亮的问题
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 土壤总细菌16S PCR-条带不亮的问题

本人打算做T-RFLP，现在正在做土壤总细菌16S PCR，引物是27F和1492R，PCR体系是：25ul体系：dNTP（10UM） 0.5ul, 引物（10UM）各1uL，Taq E 0.5ul，10×buffer缓冲液（5U/uL），模板0.5uL，以水补齐。PCR条件是94℃预变性5 min，94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸1 min，30 个循环，72℃下延伸10min。按照这个条件，能够P出条带，但是问题是条带不亮，甚至marker都不亮。期间，也换过EB染色液、TAE，但问题依旧。大家帮忙分析一下是什么原因吧。


[ Last edited by liuxing1-1 on 2012-4-19 at 10:05 ]
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1楼 2012-04-19 10:00:02
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yaoyl0679

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
土壤基因组提的不好，导致扩增效果较差
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9楼2012-04-22 16:33:31
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yaoyl0679

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不是指DNA的含量，而是提取DNA中存在腐殖质，会影响PCR扩增
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11楼2012-04-23 20:03:58
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yaoyl0679

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

说明胶跑的不好，如果电泳液时间长了就该换电泳液
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13楼2012-04-23 22:07:32
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