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lanhuaorchid

金虫 (著名写手)

orchid

[求助] 有关定量PCR,急急急

最近做了好久的定量PCR,耗费了不少试剂,但没什么结果,求助……
我是在文献里面找的引物,在普通PCR仪上扩的很好,也摸了退火温度的,特异性也挺好的,扩增片段100-300之间,但在QPCR仪(伯乐的CFX96)扩增曲线很不好,要么就是只有最高的几个浓度有信号,要么就是Ct值基本都大于30,改变退火温度也没有好转,也尝试了改为3步法,没有好转,但从头至尾熔解曲线都较好,想问问群里的大侠,有没有做这方面精通的,望能指点一二,实验各种悲剧呀,急急急
还有同学的定量PCR会出现这样的曲线(不好选择threshold),求解释

定量PCR扩增曲线
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orchid
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气


西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-03-28 10:14:23
嗯.............
Bio-Rad 的CFX本人非常讨厌,有很较强的边缘效应(我本人也对伯乐的东西有偏见、抱歉)
请问你这个做的是标曲吗?有详细内容了我们才方便参谋参谋

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

Let God do with it as He wills
2楼2012-03-27 16:19:08
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yhyang916

禁虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币-100, 广告! 2012-03-27 19:16:51
西瓜: 编辑内容 2012-04-02 11:14
本帖内容被屏蔽

3楼2012-03-27 16:31:15
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lanhuaorchid

金虫 (著名写手)

orchid

引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-27 16:19:08:
嗯.............
Bio-Rad 的CFX本人非常讨厌,有很较强的边缘效应(我本人也对伯乐的东西有偏见、抱歉)
请问你这个做的是标曲吗?有详细内容了我们才方便参谋参谋

是标曲,阈值线靠下的话,Ct值均在5以内数据就不好分析了,不正常,阈值线手动向上提的话,测得的样品的数据就不好分析了,对于伯乐的CFX96,木有选择呀
orchid
4楼2012-03-27 19:10:53
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lanhuaorchid

金虫 (著名写手)

orchid

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-27 16:19:08:
嗯.............
Bio-Rad 的CFX本人非常讨厌,有很较强的边缘效应(我本人也对伯乐的东西有偏见、抱歉)
请问你这个做的是标曲吗?有详细内容了我们才方便参谋参谋

另外,请问,边缘效应是指?
orchid
5楼2012-03-27 19:15:29
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, Good! 2012-03-28 10:16:18
引用回帖:
5楼: Originally posted by lanhuaorchid at 2012-03-27 19:15:29:
另外,请问,边缘效应是指?

嗯...........
1. 阙值还是不要手动调整了好,一般机子自行设定的都是比较可靠的,你若没有一定的定量知识就不要手动调整。你也可选择输出实验结果的荧光值,按照LinRegPCR软件计算后进行Ct矫正输出,不过这里只是针对相对定量的应用。
2. 边缘效应是指机子的温度控制越到靠边的行或排就越控制不准,偶用CFX96(学校的新机),每次最右边一列就毛都扩不出来,内参也一样,其他都能正常扩增。
3. 按你说的有调出5cycle有信号的这种,基本是不可能出现的,因为一般的Ct在20到35左右才是正常情况。
4. 你自己实验中说的按照文献的引物来做,但还包括反转录、试剂等等各方面的差异因素,不能说就一定重复出来,这个范围太广,不好提出建议
希望有所帮助
Let God do with it as He wills
6楼2012-03-27 20:18:53
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lanhuaorchid

金虫 (著名写手)

orchid

引用回帖:
6楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-27 20:18:53:
嗯...........
1. 阙值还是不要手动调整了好,一般机子自行设定的都是比较可靠的,你若没有一定的定量知识就不要手动调整。你也可选择输出实验结果的荧光值,按照LinRegPCR软件计算后进行Ct矫正输出,不过这里只 ...

好的,谢谢,学习中
orchid
7楼2012-03-27 20:38:10
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可帅儿

银虫 (正式写手)


西瓜: 金币+1, 祝福下~你是来倒苦水的么……不如发个帖,把问题仔细描述下吧。偶保证去捧场哈^_^ 2012-03-28 11:26:22
LZ我也是最近在做荧光PCR,也是跑不出结果。。。纠结啊
我怀疑我的反应体系不够标准,还有模板量不足这样的~唉继续研究吧
追随自己的心!不要做让自己后悔的事!
8楼2012-03-28 10:35:08
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lanhuaorchid

金虫 (著名写手)

orchid

引用回帖:
8楼: Originally posted by 可帅儿 at 2012-03-28 10:35:08:
LZ我也是最近在做荧光PCR,也是跑不出结果。。。纠结啊
我怀疑我的反应体系不够标准,还有模板量不足这样的~唉继续研究吧

一起加油吧,应该就是体系和程序的问题
orchid
9楼2012-03-29 19:46:41
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lanhuaorchid

金虫 (著名写手)

orchid

引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-27 16:19:08:
嗯.............
Bio-Rad 的CFX本人非常讨厌,有很较强的边缘效应(我本人也对伯乐的东西有偏见、抱歉)
请问你这个做的是标曲吗?有详细内容了我们才方便参谋参谋

另外请问,我的标品是质粒,A260/A230在1.4到1.6之间,太小了,怎么处理呢,谢谢
orchid
10楼2012-04-01 22:55:48
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