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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » ATP分子力场参数怎么做
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)

[求助] ATP分子力场参数怎么做

大家好！请问有没有ATP力场参数做成功的？用的是Amber antechamber程序，ATP是配体，保存成PDB格式文件，但用AM1 bcc算不了，有经验的大侠能否给点建议？谢谢！另：在PDB数据库里下载的蛋白，其晶体结构中间缺失了几个氨基酸，影响跑动力学吗？
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超人不会飞
1楼 2012-03-09 10:17:21
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
补充一下：我从AMBER参数数据库里找到了PREP和FRCMOD，但不知道怎么用？
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超人不会飞
2楼2012-03-09 16:12:21
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lovedi

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-10 09:32:04
charm 立场中有ATP的参数，蛋白缺失的氨基酸要补全，软件比较多，ds, sybel,modeling都可以
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3楼2012-03-10 05:12:23
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lovedi

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2012-03-10 23:15:51
看antechamber的相关教程吧
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
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4楼2012-03-10 18:33:23
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by lovedi at 2012-03-10 18:33:23:
看antechamber的相关教程吧
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/

这个教程我看了，不知道为什么ATP分子用AM1 bcc 算不了？如果把P原子去了就可以。。。
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超人不会飞
5楼2012-03-10 19:57:43
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