| 查看: 9824 | 回复: 25 | |||||||
| 本帖产生 2 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | |||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||
[交流]
发现了beta actin作为内参的一个漏洞
|
|||||||
|
众所周知，β-actin作为基因定量或定性的内参，在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin（gene ID:60，以下简称ACTB）进行引物设计的时候，利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外，还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族（gene ID：445582）的基因，于是小虫对俩基因进行了blast，结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似！下面是详细结果： 1.首先，ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同，证明这完全是两个不同的基因  这是ACTB的ID  这是POTE的ID 2.其次，俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度  俩基因的blast结果 3.再次，正因为俩基因的相似，所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段，虽然扩增产物大小相同结构也极相似，但是由于他们是两个不同的基因，所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量，这就不是对定量产生错误吗？  对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果，因为迫于保密，所以未上传我的引物序列 最后，基于我碰到的问题，有虫友能解释一下吗？同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响，所以建议版主将此帖强调一下，谢谢 [ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 | 收藏 | 杂项 | 基因课表 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
moyun333» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有60人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 发现了一个问题
已经有5人回复
- 6-epi-beta-Cubebene中的epi是什么意思
已经有3人回复
- real-time PCR内参的问题
已经有8人回复
- western blot 内参β-actin图片异常
已经有11人回复
- F-actin与β-actin
已经有9人回复
- 基因/蛋白进化过程中的相关问题！！
已经有7人回复
- Actin（内参基因）为什么叫Actin
已经有6人回复
- western 内参beta-actin条带跑不出来
已经有17人回复
- 求助F-actin和β-actin的区别
已经有12人回复
- 进化树及序列上传相关问题
已经有9人回复
- 关节炎药未来市场：生物制剂唱主角
已经有4人回复
- 和一个美国生物方向faculty聊天.
已经有23人回复
- 做生物材料 RAFT试剂中二硫酯有毒性吗
已经有5人回复
- 电子科技大学生命科学与技术学院植物分子遗传课题组招收研究生调剂信息
已经有36人回复
- Fluent能不能实现按区域计算？把左边算出的速度场作为右边的入口条件？
已经有4人回复
- arcgis中地统计模块应用的问题，DEM怎么作为第二数据集输入呢？请高人指点
已经有3人回复
- ISSR分子标记,50个品种编号重整？
已经有6人回复
- 半定量内参条带的亮度不一样，各位大侠怎么办？？？急呀！！！！！
已经有22人回复
- puc19能作为表达载体用吗/
已经有8人回复
- -NCO含量的测定
已经有14人回复
- 【求助】各位从事生物医用高分子材料的大侠们快来看看呐！！
已经有10人回复
- 【求助/交流】RT-PCR ，内参在哪个步骤添加以及marker何时使用及确定？谢谢
已经有14人回复
- 【求助/交流】primer-blast
已经有3人回复
- 【求助】-NCO的检测问题？
已经有13人回复
- 【分享】2010年复旦大学植物分子生物学暑期学校招生通知
已经有14人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
赣南师范大学肖兴教授课题组招2026级电子信息硕士 4-6 名，欢迎调剂
+1/82
-
南京医科大学生殖医学与子代健康国重实验室-董飞宏课题组-2026年博士招生-9月入学
+1/81
-
沈阳工业大学-环境电化学技术研究团队-招收硕士研究生
+3/51
-
中国石油大学（北京）国家级大人才团队博士招生1名：化学、材料、石油工程：油田化学
+1/37
-
安徽工程大学化学与环境工程学院对外招收2026级调剂硕士研究生
+1/36
-
赣南师范大学智能制造与未来能源学院2026年硕士调剂信息
+1/32
-
西北工业大学机电学院 复合材料加工制造方向招聘博士后
+1/15
-
浙江大学光电学院极端光学技术与仪器国家重点实验室诚聘极紫外阿秒方向博士后
+1/13
-
博士科研人员（化学过程工艺与硬件系统工程）
+1/12
-
西安工程大学能源化工新材料研发项目组接收2026年计算机类调剂研究生
+1/12
-
08工学英一数二290 三个奖学金两个省三 一个省创优秀结项 B区求调剂
+1/9
-
【博士招生】南京林业大学车辆工程课题组招收26年9月入学“申请-考核制”博士研究生
+1/8
-
国家双一流高校-国家级青年人才课题组博士招生
+1/6
-
墨子实验室理论计算和模拟研究组诚聘海内外优秀人才
+1/5
-
【博士招生】上海交通大学陈倩栎课题组招收2026年申请-考核博士生1名（能源材料方向）
+1/4
-
寻找26博士生导师
+1/4
-
山东济南省属重点高校，生态环境类硕士招生 调剂 信息
+1/4
-
求调剂
+1/2
-
海南师范大学 孙元元老师团队招2026级硕士生2名
+1/1
-
武汉理工大学船海与能源动力工程学院刘鹏飞院士团队博士后招聘启事
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
西瓜: 回帖置顶 2012-03-31 16:56:49
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, 学习了~ 2012-03-31 16:57:14
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
西瓜: 回帖置顶 2012-03-31 16:56:49
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, 学习了~ 2012-03-31 16:57:14
| 常用看家基因，比如18s,gapdh, beta-actin等，并不一定适合用来做定量，已经有许多文章讨论这个问题了。在2003年左右芯片技术正红的时候，已经有文章探讨如何从芯片数据中挖掘更多的看家基因，这方面的文章许多发表在bmc molecular biology上，并且开发出了geNorm,NormFinder, BestKeeper等软件来评估最稳定最适合用来做QPCR reference的基因。当然，那些文章的出发点是常用看家基因在某些条件下并不稳定，或者存在paralog会导致不适合做reference。你这儿的发现可能与基因存在paralog的情况差不多，如果actin与pote相似性那么高，有可能是homolog，这种情况actin可能并不适合做定量的对照基因。 |
16楼2012-03-14 23:57:54
3楼2012-03-03 21:41:53
4楼2012-03-04 01:58:11
5楼2012-03-04 05:39:31
简单回复
2012-03-04 14:52
回复
孙启亮(金币+1):谢谢参与
孙启亮12楼
2012-03-06 09:32
回复
