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julietguo

银虫 (正式写手)

[求助] 提RNA反转录后,用GAPDH和TLR进行PCR,可是GAPDH条带很亮,TLR怎么都出不来

各位大侠,我最近提了RAW264.7细胞的RNA,反转录后,用GAPDH和TLR进行PCR,可是GAPDH条带很亮,TLR怎么都出不来。
第一次加了6微升DEPC水溶解RNA,然后取5微升RNA溶液作RT-PCR(20微升体系),再分别用GAPDH和TLR2进行PCR。
图见1
第二次取500ng 小鼠肺组织、RAW264.7细胞的总RNA,进行逆转,用的是M-MLV的酶,按照protocol上的10微升体系,在用TLR1和GAPDH进行PCR。结果还是只有很亮的GAPDH,不过两次PCR都有很多引物二聚体。
见图2
谁能告诉我这到底是为什么呀~~~

1 MARKER 1RAW(GAPDH tlr2) 2RAW(GAPDH tlr2)



2 MARKER TLR1(肺 1RAW 2RAW) GAPDH(肺 1RAW 2RAW).jpg
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

你首先确定在这些组织中表达不
2楼2012-01-08 09:36:37
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julietguo

银虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by lihegang2000 at 2012-01-08 09:36:37:
你首先确定在这些组织中表达不

我用来PCR的TLR是表达的呀,而且引物之前检测的也没问题呀
3楼2012-01-08 10:23:36
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julietguo

银虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by lihegang2000 at 2012-01-08 09:36:37:
你首先确定在这些组织中表达不

我昨晚用IL-6和IL-4的引物检测了下我的cDNA,IL-6出来了,还挺亮的,我就奇怪了,这是不是说明我的RNA提的没问题,包括逆转也对的呀?
4楼2012-01-08 10:59:05
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

你是做半定量吧,是不是因为表达量太低了,你扩了多少个循环?
5楼2012-01-08 12:44:06
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julietguo

银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lihegang2000 at 2012-01-08 12:44:06:
你是做半定量吧,是不是因为表达量太低了,你扩了多少个循环?

可能是表达量太低了吧,我扩TLR和GAPDH时扩了30个循环,扩IL-4和IL-6时扩了40个循环~~可是也从胶图上看差好多呀,IL-6好亮呀

MARKER 肺(IL-6) 1RAW(IL-6) 2RAW(IL-6) 肺(IL-4) 1RAW(IL-4) 2RAW(IL-4)

6楼2012-01-09 08:45:04
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frank213

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
julietguo(金币+2): 有帮助 2012-01-11 22:00:13
能不能看下你rrna的条带如何。提取完全吗
中庸不中道
7楼2012-01-09 18:32:27
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
julietguo(金币+8): ★★★很有帮助 2012-01-11 22:00:01
引用回帖:
6楼: Originally posted by julietguo at 2012-01-09 08:45:04:
可能是表达量太低了吧,我扩TLR和GAPDH时扩了30个循环,扩IL-4和IL-6时扩了40个循环~~可是也从胶图上看差好多呀,IL-6好亮呀

MARKER 肺(IL-6) 1RAW ...

30个循环和40个循环相差可大了,亮度没有可比性吧
8楼2012-01-10 08:28:10
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julietguo

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by frank213 at 2012-01-09 18:32:27:
能不能看下你rrna的条带如何。提取完全吗

我们实验室提过RNA后就直接逆转的,没有跑rRNA哎。。
9楼2012-01-10 09:15:21
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julietguo

银虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lihegang2000 at 2012-01-10 08:28:10:
30个循环和40个循环相差可大了,亮度没有可比性吧

哦,要不我用cDNA做个TLR的touchdown,再用IL-6做个阳性对照,如果TLR还不出来,那是不是就是引物问题啦?
10楼2012-01-10 09:22:54
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