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julietguo

银虫 (正式写手)

[求助] 提RNA反转录后,用GAPDH和TLR进行PCR,可是GAPDH条带很亮,TLR怎么都出不来

各位大侠,我最近提了RAW264.7细胞的RNA,反转录后,用GAPDH和TLR进行PCR,可是GAPDH条带很亮,TLR怎么都出不来。
第一次加了6微升DEPC水溶解RNA,然后取5微升RNA溶液作RT-PCR(20微升体系),再分别用GAPDH和TLR2进行PCR。
图见1
第二次取500ng 小鼠肺组织、RAW264.7细胞的总RNA,进行逆转,用的是M-MLV的酶,按照protocol上的10微升体系,在用TLR1和GAPDH进行PCR。结果还是只有很亮的GAPDH,不过两次PCR都有很多引物二聚体。
见图2
谁能告诉我这到底是为什么呀~~~

1 MARKER 1RAW(GAPDH tlr2) 2RAW(GAPDH tlr2)



2 MARKER TLR1(肺 1RAW 2RAW) GAPDH(肺 1RAW 2RAW).jpg
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

你首先确定在这些组织中表达不
2楼2012-01-08 09:36:37
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

你是做半定量吧,是不是因为表达量太低了,你扩了多少个循环?
5楼2012-01-08 12:44:06
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
julietguo(金币+8): ★★★很有帮助 2012-01-11 22:00:01
引用回帖:
6楼: Originally posted by julietguo at 2012-01-09 08:45:04:
可能是表达量太低了吧,我扩TLR和GAPDH时扩了30个循环,扩IL-4和IL-6时扩了40个循环~~可是也从胶图上看差好多呀,IL-6好亮呀

MARKER 肺(IL-6) 1RAW ...

30个循环和40个循环相差可大了,亮度没有可比性吧
8楼2012-01-10 08:28:10
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by julietguo at 2012-01-10 09:15:21:
我们实验室提过RNA后就直接逆转的,没有跑rRNA哎。。

逆转之前跑胶看看,很有必要,有可能降解比较厉害
gapdh能扩出来并不能代表没有降解

还有就是需要设一个阳性对照,就是你原来能扩出来的模板,如果阳性对照也扩不出来,那就可能是PCR体系的问题
12楼2012-01-10 11:04:05
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