[交流] 请问下面两个序列中是否含有Kozaka序列

请问下面两个序列中是否含有Kozaka序列，如何识别Kozaka序列？
1、CCGTAAGTTTTACCAACAGACTGCAGTTTCTTCACTACCAAA

2、ACAAGTTTGTACAAAAAAGCTGAACGAGAAACGTAAAATGATATAAATATCAATATATTAAATTAGATTTTGCATAAAAAACAGACTACATAATACTGTAAAACACAACATATCCAGTCACTATG

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diaoruiying

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1楼 2012-01-03 15:59:23

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dnaxxx

至尊木虫 (小有名气)

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★ ★
yicao917(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 感谢应助哦，简洁明了又易懂 2012-01-04 08:44:49

kozak序列简单可以简单地描述为ANNATGG，基本上是真核生物起始密码子的最优环境。其它序列不是不可以翻译，但是翻译效率可能差很多

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4楼2012-01-04 07:22:40

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cdl007

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
yicao917(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 学习了，你本来金币就很多了，我就少给点了 2012-01-04 08:38:52
小丹木木: 是专家顾问啊，我是刚来的，还不是很熟悉各位前辈啊 2012-01-04 08:42:10
小丹木木(金币+1, 专家考核): 补上额 2012-01-05 15:48:04

KOZAK是一个女科学家，她研究过起始密码子ATG周边碱基定点突变后对转录和翻译所造成的影响，并总结出在真核生物中，起始密码子两端序列为：——G/N-C/N-C/N-ANNATGG——，如GCCACCATGG、GCCATGATGG时，转录和翻译效率最高，特别是-3位的A对翻译效率非常重要。该序列被后人称为Kozak序列，并被应用于表达载体的构建中。

所谓Kozak规则，即第一个ATG侧翼序列的碱基分布所满足的统计规律，若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1，2，3位，则Kozak规则可描述如下：

(1)第4位的偏好碱基为G；
(2)ATG的5’端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T；
(3)在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基；
(4)除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基。

Kozak规则是基于已知数据的统计结果，不见得必须全部满足，一般来说，满足前两项即可。

From

XY

经查，你序列里应没有

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2楼2012-01-03 20:55:47

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yicao917

木虫 (小有名气)

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楼: Originally posted by cdl007 at 2012-01-03 20:55:47:
KOZAK是一个女科学家，她研究过起始密码子ATG周边碱基定点突变后对转录和翻译所造成的影响，并总结出在真核生物中，起始密码子两端序列为：——G/N-C/N-C/N-ANNATGG——，如GCCACCATGG、GCCATGATGG时，转录和翻译 ...

好的，谢谢，不过第二个序列是人体内有的可以表达的额

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3楼2012-01-03 22:11:07

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