| 查看: 921 | 回复: 2 | ||
spearous金虫 (正式写手)
|
[求助]
请问是有两种PDB格式么？
|
|
我用chem3D把Gaussian的输入文件转成PDB文件，但这个文件不能被Molmol正确打开。（只能显示其中的少部分原子，丢了某些C，O） 用记事本打开，发现，Chem3D的内容是这样： COMPND H2O_2_0126_2011.pdb HETATM 1 O -0.423 1.180 0.000 HETATM 2 H -1.357 0.954 0.000 HETATM 3 H 0.012 0.323 0.000 HETATM 4 O -1.531 -1.225 -0.002 HETATM 5 H -2.464 -1.452 -0.005 HETATM 6 H -1.084 -2.075 0.012 CONECT 1 2 3 CONECT 2 1 CONECT 3 1 CONECT 4 5 6 CONECT 5 4 CONECT 6 4 END 如果想让Molmol正确识别，必须改成这样： COMPND H2O_2_0126_2011.pdb HETATM 1 OA' -0.423 1.180 0.000 HETATM 2 1HA -1.357 0.954 0.000 HETATM 3 2HA 0.012 0.323 0.000 HETATM 4 OB' -1.531 -1.225 -0.002 HETATM 5 1HB -2.464 -1.452 -0.005 HETATM 6 2HB -1.084 -2.075 0.012 END 请问是有两种不同的PDB格式么？如果我想把guassian03的输入或者输出改成molmol能识别，应该用什么软件呢？ 试用过Babel，但它从Guassian文件转换成的PDB也是第一种。我看它有很多开关，是要选中什么才行么？ 多谢！ [ 来自科研家族 木虫量化 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
山西大学资源与环境工程研究所化工分离/环境功能材料小组招收2026年博士生
已经有3人回复
-
一志愿南师大0703化学 275求调剂
已经有6人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有205人回复
-
A 区过线就可申！重庆双非公办高校 0856调剂，接受跨专业！纳米材料 / 润滑热门方向
已经有0人回复
-
欢迎调剂长江师范学院汤老师课题组的硕士研究生
已经有0人回复
-
中国电机工程学报的投稿系统
已经有0人回复
-
湖北文理学院材料与化工专硕还有调剂名额，欢迎大家推荐考生！
已经有1人回复
-
厦门大学侯旭团队招聘青年教师、博士后及博硕士研究生
已经有2人回复
-
哈工大深圳 表界面物理化学方向（胶体与界面，光谱探测研究） 博士招生
已经有0人回复
-
元素硫的化合价和氧化态
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 我有sdf和mol2文件，请问在什么网站里可以生成PDB格式文件
已经有6人回复
- MS生成Lammps的data文件，文件中原子的类型和顺序并不是自己想要的，请问如何修改？
已经有8人回复
- 小分子pdb格式用prodrg转化为top和gro格式求助
已经有4人回复
- 如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式
已经有4人回复
- 为何我的Jade.6打不开XRD数据（有RAW和UXD两种格式）
已经有11人回复
- 关于两种格式的tiff图片
已经有6人回复
- 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式
已经有5人回复
- namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
- 如何用open babel软件把PDB格式的文件转换成mol2格式？
已经有8人回复
- 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
已经有11人回复
- 对于一篇文章的参考文献，使用EndNote，怎样套用两种文献格式
已经有7人回复
- Endnote 如何设置文中两种引用格式 (Thompson et al., 1990)和Becker et al., (1996)
已经有8人回复
- 如何将pdb文件批量转换为mol2格式文件？
已经有10人回复
- 【分享】羊皮卷全书 11卷全 pdf+txt两种格式【已搜索 无重复】
已经有97人回复
- vmd做pdb格式文件的动画求助
已经有12人回复
- lammps read_data 文件格式
已经有12人回复
- 关于ansys同时导入两种不同格式的三维文件
已经有4人回复
- Meshcast显示问题
已经有6人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- 温瑞安武侠巅峰作《说英雄·谁是英雄》精校版（umd和txt两种格式）
已经有69人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？
已经有9人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】请教一下怎么把在PDB数据库上面下载的CIF格式的晶体结构导入MS中
已经有9人回复
- 【求助/交流】求助关于PDB格式的基因序列
已经有4人回复
mchen10
金虫 (正式写手)
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 1508.2
- 散金: 41
- 红花: 6
- 帖子: 425
- 在线: 159.5小时
- 虫号: 695973
- 注册: 2009-02-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-12-17 14:19:13
spearous
金虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 994.1
- 帖子: 317
- 在线: 83.7小时
- 虫号: 75496
- 注册: 2005-06-18
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2011-12-18 03:55:56
5