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spearous金虫 (正式写手)
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[求助]
请问是有两种PDB格式么？
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我用chem3D把Gaussian的输入文件转成PDB文件，但这个文件不能被Molmol正确打开。（只能显示其中的少部分原子，丢了某些C，O） 用记事本打开，发现，Chem3D的内容是这样： COMPND H2O_2_0126_2011.pdb HETATM 1 O -0.423 1.180 0.000 HETATM 2 H -1.357 0.954 0.000 HETATM 3 H 0.012 0.323 0.000 HETATM 4 O -1.531 -1.225 -0.002 HETATM 5 H -2.464 -1.452 -0.005 HETATM 6 H -1.084 -2.075 0.012 CONECT 1 2 3 CONECT 2 1 CONECT 3 1 CONECT 4 5 6 CONECT 5 4 CONECT 6 4 END 如果想让Molmol正确识别，必须改成这样： COMPND H2O_2_0126_2011.pdb HETATM 1 OA' -0.423 1.180 0.000 HETATM 2 1HA -1.357 0.954 0.000 HETATM 3 2HA 0.012 0.323 0.000 HETATM 4 OB' -1.531 -1.225 -0.002 HETATM 5 1HB -2.464 -1.452 -0.005 HETATM 6 2HB -1.084 -2.075 0.012 END 请问是有两种不同的PDB格式么？如果我想把guassian03的输入或者输出改成molmol能识别，应该用什么软件呢？ 试用过Babel，但它从Guassian文件转换成的PDB也是第一种。我看它有很多开关，是要选中什么才行么？ 多谢！ [ 来自科研家族 木虫量化 ] |
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