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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 请问是有两种PDB格式么？
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spearous

金虫 (正式写手)

[求助] 请问是有两种PDB格式么？

我用chem3D把Gaussian的输入文件转成PDB文件，但这个文件不能被Molmol正确打开。（只能显示其中的少部分原子，丢了某些C，O）
用记事本打开，发现，Chem3D的内容是这样：
COMPND  H2O_2_0126_2011.pdb                                                     
HETATM    1  O                  -0.423   1.180   0.000               
HETATM    2  H                  -1.357   0.954   0.000               
HETATM    3  H                   0.012   0.323   0.000               
HETATM    4  O                  -1.531  -1.225  -0.002               
HETATM    5  H                  -2.464  -1.452  -0.005               
HETATM    6  H                  -1.084  -2.075   0.012               
CONECT    1    2    3                                       
CONECT    2    1                                             
CONECT    3    1                                             
CONECT    4    5    6                                       
CONECT    5    4                                             
CONECT    6    4                                             
END   


如果想让Molmol正确识别，必须改成这样：
COMPND  H2O_2_0126_2011.pdb                                                     
HETATM    1    OA'                   -0.423   1.180   0.000               
HETATM    2   1HA                    -1.357   0.954   0.000               
HETATM    3   2HA                     0.012   0.323   0.000               
HETATM    4    OB'                   -1.531  -1.225  -0.002               
HETATM    5   1HB                    -2.464  -1.452  -0.005               
HETATM    6   2HB                    -1.084  -2.075   0.012                                                         
END   


请问是有两种不同的PDB格式么？如果我想把guassian03的输入或者输出改成molmol能识别，应该用什么软件呢？
试用过Babel，但它从Guassian文件转换成的PDB也是第一种。我看它有很多开关，是要选中什么才行么？

多谢！

[ 来自科研家族 木虫量化 ]
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1楼 2011-12-17 01:00:33
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mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2011-12-17 20:36:37
spearous(金币+5): 非常感谢！~ 2011-12-18 03:56:07
babel -i gzmat input -o pdb output -ab
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更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
2楼2011-12-17 14:19:13
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spearous

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-17 14:19:13:
babel -i gzmat input -o pdb output -ab

谢谢，我发现在图形界面里选中：
Diable bonding entirely 就可以了。

为什么molmol不能读有connect的pdb呢？
我以前听说molmol里的bond 的数据和别的软件有差别。是因为这个原因所以它不读别的软件的成键设置么？
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3楼2011-12-18 03:55:56
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