应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 核糖体结合位点与ATG起始密码子的距离问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/1返回列表
查看: 8359  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看

hxy2011

金虫 (小有名气)

[交流] 核糖体结合位点与ATG起始密码子的距离问题

我最近目的基因连接一个表达载体，在细菌中表达，ATG起始位点离载体核糖体结合位点20bp左右，会不会影响我的目的基因的表达呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

【分子生物】EPI帖 核酸方面 博士学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-12-12 21:42:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

longage.gene

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！辛苦啊！ 2011-12-13 18:59:05
引用回帖:
6楼: Originally posted by hxy2011 at 2011-12-13 12:07:38:
其中一个基因RBS附近序列：
ATTCTGAAATGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGC
                                             SalI         XmaIII
                                          ...

RBS你认为的是哪个？是写有RBS的上方吗？如果是，我认为那2个基因的RBS 99%是错的。
GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCATG目的基因
第一个下划线最像RBS序列，spacer长9~14，spacer虽然有点长，但翻译一般不会有问题；第二个下划线稍微像RBS序列，spacer长2，spacer有点过短，翻译可能很差；总之，这个序列翻译应该不成问题。

GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCCGTCGACAAGCTTATG+目的基因
第一个下划线最像RBS序列，spacer长22~27，spacer有点长，翻译效率会下降较多；第二个下划线稍微像RBS序列，spacer长约15，spacer有点长，因为RBS序列也不太好，翻译可能很差；第三个下划线比较像RBS序列，但spacer有点过短，翻译可能不太好；总之，这个序列翻译效率可能比上面那个基因差甚至检测不到。

排除promoter因素，从RBS看，第一个应该问题不大，第二个有点困难。这些是推测，还得看你实际实验结果，毕竟微生物的种间差异很大，不能妄下定论。结果出来后望告知。
赞一下(4人) 回复此楼
7楼2011-12-13 16:04:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

panda73

金虫 (小有名气)
★ ★
hxy2011(金币+1):谢谢参与
西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-12-13 18:58:21
一般RBS距ATG的距离在3-10个碱基，你的什么载体，会呈现这种情况？
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-12-12 21:54:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hxy2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by panda73 at 2011-12-12 21:54:13:
一般RBS距ATG的距离在3-10个碱基，你的什么载体，会呈现这种情况？

我们实验室自己构建的一个载体，那么怎么解决这个问题呢，是不是自己在设计引物是要自己加上啊
赞一下 回复此楼
3楼2011-12-12 22:34:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longage.gene

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
hxy2011(金币+1):谢谢参与
西瓜(金币+3): Good！ 2011-12-13 18:58:37
你贴上你的atg开始上游30个左右碱基序列，我帮你看看。一般来说spacer过长翻译变弱，但不一定，看过有的论文报道长到40以上效果更好，但那是特例。你认为你的spacer有20多，有些同学不会看rbs，也有可能在atg上游有类似rbs序列也能用。
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

胡武佳
4楼2011-12-13 07:40:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hxy2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longage.gene at 2011-12-13 07:40:07:
你贴上你的atg开始上游30个左右碱基序列，我帮你看看。一般来说spacer过长翻译变弱，但不一定，看过有的论文报道长到40以上效果更好，但那是特例。你认为你的spacer有20多，有些同学不会看rbs，也有可能在atg上游 ...

我把我两个基因的载体位置给你，帮我看下吧。谢谢！
赞一下 回复此楼
5楼2011-12-13 11:05:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hxy2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longage.gene at 2011-12-13 07:40:07:
你贴上你的atg开始上游30个左右碱基序列，我帮你看看。一般来说spacer过长翻译变弱，但不一定，看过有的论文报道长到40以上效果更好，但那是特例。你认为你的spacer有20多，有些同学不会看rbs，也有可能在atg上游 ...

其中一个基因RBS附近序列：
ATTCTGAAATGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGC
                                             SalI         XmaIII
                                          SstI            NotI
                                          SacI            Eco52I
                                        Ecl136II          EagI
                                EcoRI   EcoICRI   
GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCATG目的基因
                     RBS

另一个基因RBS附近序列：
ATTCTGAAATGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGC
                                             SalI         XmaIII
                                          SstI            NotI
                                          SacI            Eco52I
                                        Ecl136II          EagI
                                EcoRI   EcoICRI    HindIII        XhoI
GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCCGTCGACAAGCTTATG+目的基因
                    RBS
赞一下 回复此楼
6楼2011-12-13 11:07:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hxy2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by longage.gene at 2011-12-13 16:04:47:
RBS你认为的是哪个？是写有RBS的上方吗？如果是，我认为那2个基因的RBS 99%是错的。
GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCATG目的基因
第一个下划线最像RBS序列，spacer长9~14，spacer虽然有点 ...

非常感谢。原始质粒的RBS就是AGGAA，我在复制序列的时候出现了问题。第二个基因是里RBS比较远的酶切位点连接的。那像这种情况怎么解决呢？是不是要在设计引物时自己加RBS？
赞一下 回复此楼
8楼2011-12-13 18:21:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longage.gene

银虫 (小有名气)
★ ★
西瓜(金币+2): Good! 2011-12-14 14:34:36
引用回帖:
8楼: Originally posted by hxy2011 at 2011-12-13 19:21:18:
非常感谢。原始质粒的RBS就是AGGAA，我在复制序列的时候出现了问题。第二个基因是里RBS比较远的酶切位点连接的。那像这种情况怎么解决呢？是不是要在设计引物时自己加RBS？

总之一个原则，atg前要RBS，spacer 5~10为佳，远些问题不大，短了问题很大。至于什么方法加RBS，具体问题具体分析，因为有很多方法。 你的第一个基因RBS要再近点效率会提升不少。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-12-13 22:12:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小亚杰

木虫 (正式写手)
★
hxy2011(金币+1):谢谢参与
过来学习啦
回复此楼
10楼2011-12-14 22:02:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

胡武佳

新虫 (小有名气)
★
hxy2011(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by longage.gene at 2011-12-13 07:40:07
你贴上你的atg开始上游30个左右碱基序列，我帮你看看。一般来说spacer过长翻译变弱，但不一定，看过有的论文报道长到40以上效果更好，但那是特例。你认为你的spacer有20多，有些同学不会看rbs，也有可能在atg上游有 ...

RBS怎么看啊
回复此楼
11楼2018-08-08 19:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hxy2011 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 277求调剂 数一104分 +6 瓶子PZ 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:38 by 啵啵啵0119
[考研] 0854电子信息319求调剂（接受跨专业调剂） +3 星星不眨眼喽 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:20 by 啵啵啵0119
[考研] 材料专硕283求调剂 +14 试试看呗 2026-04-04 15/750 2026-04-05 19:21 by jkddd
[考研] 一志愿同济大学323分（080500）求调剂 +8 yikeniu 2026-04-01 8/400 2026-04-05 18:15 by cql1109
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +6 ioodiiij 2026-04-04 6/300 2026-04-05 10:09 by guoweigw
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 材料工程085601数二英一335求调剂 +6 双马尾痞老板2 2026-03-31 6/300 2026-04-04 22:29 by hemengdong
[考研] 333求调剂 +12 wfh030413@ 2026-04-03 13/650 2026-04-04 21:02 by jj987
[考研] 一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂 +11 努力奋斗112 2026-04-04 11/550 2026-04-04 20:51 by 蓝云思雨
[考研] 085602 找调剂 +4 逆时针快乐 2026-04-02 4/200 2026-04-04 19:32 by 蓝云思雨
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖！ 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 336求调剂 +8 kiyy 2026-04-01 8/400 2026-04-03 19:41 by lijunpoly
[考研] 274求调剂 +9 顺理成张 2026-04-03 10/500 2026-04-03 15:10 by 啊俊！
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 325分化学调剂 +5 15771691647 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:58 by ChemPharm
[考研] 初试301，代码085701环境工程，本硕一致，四六级已过，有二区一作，共发表5篇论文 +6 axibli 2026-04-01 6/300 2026-04-02 13:42 by Ecowxq666！
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-03-30 13/650 2026-04-01 17:00 by 七度不信任
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭