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[交流]
核糖体结合位点与ATG起始密码子的距离问题
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| 我最近目的基因连接一个表达载体，在细菌中表达，ATG起始位点离载体核糖体结合位点20bp左右，会不会影响我的目的基因的表达呢？ |
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 【分子生物】EPI帖 | 核酸方面 | 博士学习 |
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西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！辛苦啊！ 2011-12-13 18:59:05
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！辛苦啊！ 2011-12-13 18:59:05
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RBS你认为的是哪个？是写有RBS的上方吗？如果是，我认为那2个基因的RBS 99%是错的。 GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCATG目的基因 第一个下划线最像RBS序列，spacer长9~14，spacer虽然有点长，但翻译一般不会有问题；第二个下划线稍微像RBS序列，spacer长2，spacer有点过短，翻译可能很差；总之，这个序列翻译应该不成问题。 GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCCGTCGACAAGCTTATG+目的基因 第一个下划线最像RBS序列，spacer长22~27，spacer有点长，翻译效率会下降较多；第二个下划线稍微像RBS序列，spacer长约15，spacer有点长，因为RBS序列也不太好，翻译可能很差；第三个下划线比较像RBS序列，但spacer有点过短，翻译可能不太好；总之，这个序列翻译效率可能比上面那个基因差甚至检测不到。 排除promoter因素，从RBS看，第一个应该问题不大，第二个有点困难。这些是推测，还得看你实际实验结果，毕竟微生物的种间差异很大，不能妄下定论。结果出来后望告知。 |
7楼2011-12-13 16:04:47
2楼2011-12-12 21:54:13
3楼2011-12-12 22:34:06
胡武佳4楼2011-12-13 07:40:07
5楼2011-12-13 11:05:04
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其中一个基因RBS附近序列： ATTCTGAAATGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGC SalI XmaIII SstI NotI SacI Eco52I Ecl136II EagI EcoRI EcoICRI GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCATG目的基因 RBS 另一个基因RBS附近序列： ATTCTGAAATGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGC SalI XmaIII SstI NotI SacI Eco52I Ecl136II EagI EcoRI EcoICRI HindIII XhoI GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCCGTCGACAAGCTTATG+目的基因 RBS |
6楼2011-12-13 11:07:38
8楼2011-12-13 18:21:18
9楼2011-12-13 22:12:57
10楼2011-12-14 22:02:31
11楼2018-08-08 19:36:51