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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 核糖体结合位点与ATG起始密码子的距离问题
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longage.gene

银虫 (小有名气)
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西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！辛苦啊！ 2011-12-13 18:59:05
引用回帖:
6楼: Originally posted by hxy2011 at 2011-12-13 12:07:38:
其中一个基因RBS附近序列：
ATTCTGAAATGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGC
                                             SalI         XmaIII
                                          ...

RBS你认为的是哪个？是写有RBS的上方吗？如果是，我认为那2个基因的RBS 99%是错的。
GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCATG目的基因
第一个下划线最像RBS序列，spacer长9~14，spacer虽然有点长，但翻译一般不会有问题；第二个下划线稍微像RBS序列，spacer长2，spacer有点过短，翻译可能很差；总之，这个序列翻译应该不成问题。

GGATAACAATTTCACACAGGAAACAGAATTCGAGCTCCGTCGACAAGCTTATG+目的基因
第一个下划线最像RBS序列，spacer长22~27，spacer有点长，翻译效率会下降较多；第二个下划线稍微像RBS序列，spacer长约15，spacer有点长，因为RBS序列也不太好，翻译可能很差；第三个下划线比较像RBS序列，但spacer有点过短，翻译可能不太好；总之，这个序列翻译效率可能比上面那个基因差甚至检测不到。

排除promoter因素，从RBS看，第一个应该问题不大，第二个有点困难。这些是推测，还得看你实际实验结果，毕竟微生物的种间差异很大，不能妄下定论。结果出来后望告知。
赞一下(4人) 回复此楼
7楼2011-12-13 16:04:47
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