应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 初做DGGE求助论坛高手
161/1返回列表
查看: 2325  |  回复: 15
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 jipojiong 的 5 个金币

jipojiong

木虫 (小有名气)

[交流] 初做DGGE求助论坛高手

初做DGGE，电泳图如下

现在的问题是：
1.我所需要的目的条带的位置是不是在电泳图中间部分的条带？
2.电泳图下面的那几条亮带是什么条带？要不要割胶回收？
3.电泳图上所显示的条带较少是不是提基因组的时候就出现了问题呢？
4.拍照时照片曝光时间长，割胶回收时，有些条带非常暗基本看不见，是不是要提高上样量呢？

问题比较多啊？希望各位高手多多回复
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2011-07-08 10:59:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小木虫8580

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
做什么的是16S吗？？信息提供不正确啊。
条带好少
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-08 22:15:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waldenpond

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
这就是DGGE啊，不懂，顶起
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-07-09 12:48:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请说详细一点,是什么样品的基因组(土壤,水体,还是肠道等),扩增的多大的片段跑的DGGE?
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-07-10 09:15:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jipojiong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wubingqi at 2011-07-10 09:15:53:
请说详细一点,是什么样品的基因组(土壤,水体,还是肠道等),扩增的多大的片段跑的DGGE?

是土壤的，从左到右数前6个分离的单菌，后面的是全部的样品，引物是338f-gc。518r，大小是230bp 左右
赞一下 回复此楼
5楼2011-07-11 10:38:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caisanrenju

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jipojiong(金币+5): 2011-07-15 15:15:48
重做吧，不要回收了，浪费时间。
考虑重新取土壤DNA、PCR吧，虽然DGGE跑的也不好，重点解决前两个吧
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-07-11 15:59:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jipojiong(金币+10): 2011-07-15 15:15:53
引用回帖:
Originally posted by jipojiong at 2011-07-11 10:38:11:
是土壤的，从左到右数前6个分离的单菌，后面的是全部的样品，引物是338f-gc。518r，大小是230bp 左右

首先可以肯定这事一个比较失败的结果，建议重新做DGGE，可以从PCR那里找原因，不知你PCR的结果如何，DGGE要求PCR结果比较好，不要有杂带，条带也不要过宽。最好是切胶纯化下。

前6个泳道是分离的单菌？为什么有的泳道还会有多条带？单菌应该只含有一条带，最多就是再有个引物二聚体。这种情况可能是pcr时候污染了，也可能是泳道的样品扩散到相邻泳道导致的。建议重新PCR，如果泳道够用，建议不同样品间空一个泳道加样试试。
另外，土壤中微生物的种类非常丰富，绝对不会只有这么几条带。原因可能是电泳条件不合适，我做土壤一般是15h－16h，75v，当然，这个条件也不是唯一的，需要摸索一下。另外也有可能是你的PCR产物浓度太低，建议你多扩几管合并一下（但是这样容易造成背景难看）。另外建议你做巢式PCR，效果还是不错的。

最下面几条亮带不知道是什么
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-07-11 17:54:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuwei01

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也有你种现象，下面有一坨很亮的条带，你找到原因可以告知一声吗？谢谢！
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2011-08-01 17:05:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

分子实验哥

捐助贵宾 (小有名气)
北京华美锐是一家专门代做DGGE实验的单位
1.技术路线如下﹕
客户提供样本，公司负责从样本中提取DNA，设计与合成检测片段特异性PCR引物， PCR扩增，PCR产物纯化，变性梯度凝胶电泳，PAGE切胶回收，二次PCR扩增，琼脂糖切胶回收，TA克隆测序，生物信息学分析对PCR产物进行单向测序后分析所检测信息。
2.我们为您提供的结果
提交结果包括：PCR结果的胶图、PCR产物的变性梯度凝胶电泳分析图、主要电泳条带的序列测定及其序列分析、测序峰图及序列，测序结果分析报告。
有需要代做DGGE实验的朋友请联系              18910397186   周
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-12-14 09:12:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周梦怡

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
20869楼: Originally posted by jipojiong at 2011-07-08 10:59:18:
初做DGGE，电泳图如下

现在的问题是：
1.我所需要的目的条带的位置是不是在电泳图中间部分的条带？
2.电泳图下面的那几条亮带是什么条带？要不要割胶回收？
3.电泳图上所显示的条带较少是不是提基因组的时候 ...

你好 我最近也在做DGGE，碰到了和你这个差不多的问题：条带少，下端有坨亮带。请问，你现在解决了吗？是怎么解决的？期盼你的答复，非常感谢
赞一下 回复此楼
10楼2012-04-22 20:22:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

久久季雨

木虫 (正式写手)
同样问题指教啊！
回复此楼
11楼2012-09-20 09:48:01
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

馨沁

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你的marker有点不对啊 看不出来目的条带在哪 做DGGE前PCR时 目的条带大约230——250bp，细菌用16SV3区引物，我一般用338f-gc和518r，退火温度相对高些，这样目的条带能纯点，下边最亮的分不出条带的可能是RNA 建议PCR后加5微升RNA酶，37℃水浴半小时，在点样跑电泳，一般这个就不用切胶回收了
赞一下 回复此楼
12楼2012-11-25 20:06:27
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zq347597638

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也准备要做了 来关注下
赞一下 回复此楼
13楼2012-11-26 10:50:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starflyin

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
条带少可能是DNA提取质量的问题，也可能是变性梯度问题，是不是梯度范围设定的太小？还有就是你电泳跑的朝两边歪，下面螺丝可以适当拧紧一些。
赞一下 回复此楼
14楼2014-02-27 16:55:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红红三缺一

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 周梦怡 at 2012-04-22 20:22:26
你好 我最近也在做DGGE，碰到了和你这个差不多的问题：条带少，下端有坨亮带。请问，你现在解决了吗？是怎么解决的？期盼你的答复，非常感谢...

我也想问下 为什么会有一堆亮？
赞一下 回复此楼
15楼2015-05-26 21:00:01
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

☆季节→永恒

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by 红红三缺一 at 2015-05-26 21:00:01
我也想问下 为什么会有一堆亮？
...

一堆亮的说明没有分开嘛，可以把胶的浓度缩小点试试。或者传张图看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
16楼2015-06-04 00:32:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jipojiong 的主题更新
161/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件) 论文翻译-EnPapers美助理教授团队-SCI英文润色
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章，可以投哪里啊？有没有水一些的期刊推荐 +8 香瓜木香 2024-06-12 14/700 2024-06-18 11:16 by 晓目崇
[高分子] 烧瓶内合成聚酯 +3 大帝国乐 2024-06-17 7/350 2024-06-18 11:10 by 大帝国乐
[基金申请] 有人中过人文社科类的博后特助吗？ +3 outsider1986 2024-06-16 5/250 2024-06-18 11:10 by 袁天未然
[基金申请] 博后基金刷到的BUG,图片来的更直观 +12 carolloo 2024-06-17 13/650 2024-06-18 08:35 by q478652742
[文学芳草园] 累并快乐着 +15 MYHLD521 2024-06-14 15/750 2024-06-18 01:28 by liyeqik
[公派出国] 去英国的小伙伴儿都在哪儿租的房子呀？ +5 65syn 2024-06-14 8/400 2024-06-17 19:57 by 爱吃菜的虫
[基金申请] 面青地会评时间 +8 tanjydd 2024-06-15 8/400 2024-06-17 17:08 by 小龙虾2008
[基金申请] 博后面上今天有bug可以看到是否资助？ +22 lyfbangong 2024-06-12 33/1650 2024-06-17 16:17 by carolloo
[基金申请] 关于博后基金的bug问题 +6 lxr1991 2024-06-14 9/450 2024-06-15 21:17 by since—2010
[考博] 上海交大招收材料化学方向科研助理/“申请考核”博士（已招满） +3 灵梦and紫 2024-06-12 4/200 2024-06-15 20:58 by 1822836277
[基金申请] 为什么我的博后基金还在流动站审核中？不会是学院给我卡了吧？ +14 王凯12 2024-06-13 26/1300 2024-06-15 15:22 by 好人与坏人
[论文投稿] 投了一篇4区的SCI，审稿人一个拒稿，一个小修，编辑给了大修。 +9 安稳22123 2024-06-13 10/500 2024-06-14 23:45 by jurkat.1640
[基金申请] 面上基金有一个（两个）C是不是就没戏了.... 5+3 zzzm116 2024-06-13 17/850 2024-06-14 22:26 by lzt8076
[基金申请] 工材E口JQ有消息了吗 +4 babyduck 2024-06-11 4/200 2024-06-14 17:23 by firepick
[基金申请] E12面上申请 +4 汉风之遗 2024-06-13 4/200 2024-06-14 15:28 by 天外飞去来
[基金申请] 国自然基金公布的时候基金号有吗 +8 潇洒怡惜 2024-06-13 11/550 2024-06-14 11:24 by JRfei
[硕博家园] 机械研究生如何拿到年薪40+w +13 阿巴阿巴哦哦 2024-06-11 15/750 2024-06-13 15:40 by 113745685
[硕博家园] 考博应该从哪里开始准备 +6 亮姐2019 2024-06-11 8/400 2024-06-13 12:53 by 帕秋莉GO
[论文投稿] 摩擦磨损论文投稿 +3 jmysan 2024-06-12 3/150 2024-06-13 08:36 by 莱茵润色
[硕博家园] 申博 +3 悦悦小小鱼 2024-06-12 3/150 2024-06-12 15:11 by chen5805
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭